高通量基因测序产前筛查技术管理规范(修改稿)

高通量基因测序产前筛查技术管理规范 修改稿 孕期基于胎儿游离 DNA 的检测 以下简称 NIPT 检测技术 是一种以高通 量基因测序技术为平台 针对胎儿常见的 21 三体综合症 18 三体综合症和 13 三体综合症进行产前筛查技术 目前 NIPT 检测技术已经逐步成为临床产前筛查 的技术之一 为规范高通量基因测序产前筛查技术临床应用和实验室检测工作 特制定本规定 该规范主要包括开展高通量基因测序产前筛查技术的组织管理 临床技术流程 实验室检测要求以及质量控制等内容 为去报该技术能准确 科学的开展 所有临床开展高通量测序技术服务的医疗机构 检测实验室 标 本转运机构均应按照本规范的相关要求开展工作 其他符合临床应用的针对胎 儿游离 DNA 检测产前筛查技术也应该参考本规范的相关规定 第一部分基本要求与组织管理 一 基本要求 一 机构要求 1 开展临床高通量测序产前筛查技术服务的机构应具备省级卫生计 生行政部门审批许可的产前诊断机构 取得开展产前诊断技术的 母婴保健技术服务执业许可证 2 开展高通量测序产前筛查捡测工作的实验室 包括第三方检测实 验室 均需具备通过省级技术审核的临床基因扩增检验实验室资质 相关工作开展符合医疗机构临床实验室管理办法的规定 二 设备试剂要求 在具备细胞遗传学实验诊断设备的基础上 同时具备开展 NIPT 相 应的主要设备 包括高通量基因测序仪 DNA 提取相关设备 PCR 仪 设备的种类 数量与实际开展的项目与检测标本的数量相匹 配 设备配置参照本规范有关高通量基因测序实验室基本设备要求 部分 开展高通量基因测序产前筛查的产前诊断机构和检验所需严 格按照 医疗器城监督管理条例 和 医疗器械注册管理办法 使 用国家食品药品管理总局 CFDA 获批注册的 设备和试剂开展高通 量基因测序产前筛查工作 三 人员要求 开展 NIPT 的医疗机构应当具备与实际检测工作相适应的专业技术 人员团队 其中包括具备从事产前诊断技术资质的副高职称以上的 临床医师 2 名以上 具备临床检验资质的中级职称以上的实验室技 术人员 2 名以上 NIPT 实验窒技术人员应当接受过临床基因扩增检 验技术培训井合格 所有人员均应当接受省级卫生计生行政部门组 织的产前诊断和产前筛查技术培训 从事产前诊断人员需取得省卫 生行政部门颁发的 母婴保健技术考核合格证 产前诊断 从事产 前筛查人员需取得省级卫生计生行政部门颁发的培训合格证书 四 开展高通量测序产前筛查的医疗机构及检测实验窒要自觉维 护孕妇权利 尊重孕产妇知情同意权和选择权 保护孕妇隐私 要 全面 客观宣教高通量基因测序产前筛查的适用人群 优缺点及可 供选择的产前筛查与诊断方案等 取得孕产妇或其法定代理人同意 后方可开展 重要事项及文件需经过本单位伦理委员会讨论通 过 严禁发布虚假医疗广告和信息 严禁夸大项目诊疗效果误导孕 产妇 五 严禁任何机构采用技术手段进行非医学需要的胎儿性别鉴定 二 组织管理 一 国家卫生计生委负责全国产前筛查工作的组织领导 负责组 织制定及更新高通量测序产前筛查技术管理规范及质量控制方案 委托有关单位定期组织开展质量评估工作 二 省级卫生计生行政部门负责全省产前筛查工作的组织管理 构建产前筛查网络 对产前筛查技术相关人员开展培训 对符合资 质开展商通量测序产前筛查的医疗机构 检测实验室进行监督和质 量评估 井将有关报表定期上报国家卫生计生委 三 开展 NIPT 的医疗机构在各地卫生计生行政部门的指导下 开展健康教育 筛查前咨询和知情同意书签署 标本采样 检测 报告发放及检测后追踪 咨询 产前诊断及结局随访 信息统计上 报等工作 定期将通过 NIPT 进行 21 三体综合征 18 三体综合征 13 三体综合征产前筛查的工作量及筛查结果 包括筛查捡出事 假 阳性率 阳性预测值和检出病例数 发生的假阴性病例数等数据信 息上报省级卫生行政部门 四 产前诊断机构可按照有关规定和规范独立开展 NIPT 检测工 作 也可和具有由卫生行政管理部门审批资质的临床检验医疗机构 以下简称检验所 建立合作检测关系 双方应签丁协议明确双方的 责任和义务 并向省级卫生计生行政部门备案 具体要求如下 1 产前诊断机构负责临床医疗行为 包括 NIPT 筛查方案的确 定 病例检测申请 包括检测前咨询 署知情同意书和样本采集 依具检测实验室提供的检测结果出具产前筛查临床报告并审核发 放 检测后临床处理 包括报告签署 报告解读 捡测后咨询以及 产前诊断 妊娠结局的随访工作 医疗风险管理等 2 医学检验所负责提供有效准确的检测技术 包括捡铡技术平 台的建设 技术人员的培训 技术支持 开展室内质量控制和室间 评价 提供检测结果报告 按规定保存相关标本 信息以及文当资 科等 确保医疗信息安全 井接受国家卫生计生委临味检验中心的 质量检测和监督检查并对检测结果负责 第二部分临床技术及质量控制 一 适用的目标疾病 根据目前技术发展水平 高通量基因测序产前筛查技术运用的 目标疾病为三种常见胎儿染色体非整倍体异常即 2l 三体综合征 18 三体综合征 13 三体综合征 二 筛查时限 高通量基因测序产前筛查可在孕 l2 0 周后进行 为遵循在孕周 满 28 周前完成产前筛查和诊断的原则 建议筛查的时限通常为 12 0 22 5 周 三 临床应用指证 高通量测序产前椎查作为一种高精度的产前筛查方法 适用于 需精确评估三种常见胎儿染色体疾病风险的孕妇 但对于部分孕妇 人群存在慎用或不适用的情况 具体为 一 慎用人群 指该孕妇人群接受高通量测序产前筛查所获得的效率从伦理上 较一般适用人群有一定的降低 或检出效率尚不明确 检测结果的 判读不确定性增加 以及与现行卫生政策有不一致的情形 这些情 形包括 1 早中孕期产前筛查高风险孕妇 2 预产期年龄达到或超过 35 岁的高龄孕妇 3 重度肥胖 体重指数 BMI 40 孕妇 4 通过体外受精 胚胎移植 以下简称 IVF ET 方式受孕的孕妇 5 双胎及多胎妊的孕妇 6 医生认为可能影响筛查准确性的其他情形 三 不适用人群 指该孕妇人群从伦理上存在的严重干扰高通量测序产前筛查准 确性的因素 其检测的假阳性率及假阴性率均较前两类人群有大幅 度上升 因此不适于进行高通量测序产前筛查 这些情形包括 1 核对孕周后筛查时孕周小于 12 0 周 2 有染色体异常胎儿分娩史 夫妇一方有明确染色体异常的孕妇 3 孕妇 1 年内接受果异体输血 移植手术 异体细胞治疗或免疫治 疗等 4 胎儿影像学检查怀疑胎儿有微缺失重复综合症或其他染色体异常 可能的 5 各种基因遗传疾病的高风险孕妇人群 6 已知孕期合并恶性肿瘤的孕妇 6 医生认为明显影响筛查准确性的其他情形 四 检测前咨询及知情同意 一 凡自愿进行此项检测的孕妇 或符合慎用人群标准但在充分 知情同意的前提下仍自愿要求进行此项检测的孕妇 医师应当对孕 妇本人及其家属详细告知该检测的目标病种 目的 意义 准确率 风险和局限性 以及检测的种类 费用和技术流程 并签署知情同 意书及正确填写申请单 二 产前诊断机构只对已签署知情同意书 同意参加该检测的孕 妇进行检测 三 林场医师在孕妇签署知情同意书时应当告知被检测者以下要 点 知情同意书模版见附件 1 1 对存在产前诊断指征的孕妇建议其优先选择介入性产前诊断 2 告知该检测能检出的目标疾病种类 3 告知该检测能够达到的检出率 假阳性率 强调该检测结果不能 视为产前诊断 高风险结果必须行介入性产前诊断确诊 以及低风 险结果具有假阴性的可能性 4 告知该检测有失败的风险 可能会要求重新采血 5 根据知情同意书内容告知该检测的局限性 6 根据知情同意书内容告知影响该检测的因素 7 医生对病例个案认为应该说明的相关问题 四 对未接受中孕期血清学筛查而直接进行高通量基因测序产前 筛查与诊断的孕妇 应当在孕期进行胎儿神经管缺陷风险等的评估 五 检测申请单的填写 一 医师在填写申请单市应当询问孕产史 孕周 胎数和已进行 的其他产前检测 产前筛查或产前诊断的结果 以及询问是否进行 过细胞治疗 异体输血或是否为肿瘤患者等情况 申请单参考格式 见附件 2 二 医师应当协助孕妇准确填写检测申请单上的内容 包括 孕 妇姓名 出生日期 采血时体重 孕妇通讯地址和 或联系电话 末 次日期 筛查孕周 早孕或中孕期血清学筛查结果等 六 临床标本的采集及转运 一 采用唯一编号对采血管进行编号 建议采血管采用条形码作 为编号标示 该编号应当与知情同意书和送检单上的编号一致 二 按照无菌操作要求 采取孕妇静脉血 样本处理按试剂盒说 明书要求进行 三 标本的贮存和运输 1 使用常规 EDTA 抗凝采血管采集的样本应在 2 8 条件下保存及 运输 全血离体后 8 小时内完成血浆分离 或按试剂说明书的要求 开展工作 2 使用常温运输采血管采集的样本应在采血后常温保存及运输 并 在全血离体后 96 小时内完成血浆分离 或按试剂说明书的要求开展 工作 3 已分离的血浆标本应在 20 或以下的温度中长期保存 保存过程 中避免反复冻融 4 标本的运送应符合相应的生物安全要求 七 临床检测报告的审核发放 一 自抽取孕妇外周血至出具临床检测报告的周期不应当超过 10 个工作日 其中发出因检测失败需再次采样的通知不应当长于 5 个 工作日 二 临床检测报告需经由 1 名具备产前诊断临床资质的副高级以 上职称医务人员审核并签发 报告参考格式见附件 3 三 临床检测报告应当以开展技术服务的医疗机构名义出具 以 书面报告形式告知受检者 医务人员应当通知受检者或其家属获取 该报告的地点和时间 四 临床检测报告应当包括以下信息 1 孕妇的姓名 年龄 孕周 末次月经时间 2 样本编号 样本状态 采样日期和报告日期 3 检测项目 检测方法 4 每一种目标疾病的检测值 正常参考范围 5 以目标疾病的低风险或高风险作为结果报告 6 检测者 审核者 7 其他相关提示 五 对于高风险结果的孕妇 产前诊断机构应当尽快通过电话或 短信息等方式专门通知 建议该孕妇进行后续产前诊断 并做好追 踪随访 该项工作需有书面记录并保存 八 检测后咨询及高风险病例的处置 一 对于结果为低风险的孕妇 应当提示此检测并非最终诊断 不排除漏检的可能 且不能排除其他染色体疾病 二 对于结果为高风险的孕妇 应当建议其进行后续介入性产前 诊断 不应当仅根据检测高风险的结果做终止妊娠的建议和处理 三 提供检测的产前诊断机构应当负责高风险病例的后续临床咨 询和产前诊断 临床咨询率应达 100 产前诊断率应达 95 以上 四 如果存在胎儿影像学检查异常 无论该检测结果是低风险还 是高风险 都应当对其进行专业的遗传咨询及后续相应诊断服务 五 对于检测结果中除 21 18 13 三体综合征风险信息之外的 异常发现 临床医生应综合考虑孕妇利益 个人意愿 异常的具体 情形以及伦理原则进行咨询和妥善处置 井做好书面记录 九 妊娠结局随访 一 产前诊断机构应当对所有检测高风险对象进行妊娠结局 包括后 期流产 引产 早产或足月分娩 的追踪随访 随访率应达 100 失访率宜小于 10 二 产前诊断机构对于检查低风险对象妊娠结局的随访率应大于 90 随访时限应为胎儿出生后 12 周内 建议有条件的产前诊断机 构随访至产后 1 年 三 随访内容包括 妊娠结局 胎儿或新生儿是否为 21 三体综合 征 18 三体综合征 13 三体综合征患儿以及其他临床诊断和 或遗 传学诊断 建议有条件的产前诊断机构对后期自发流产 死胎 致 死性的早产胎儿可开展遗传学诊断 作为妊娠结局随访的一部分内 容 十 标本与资料信息的保存 高通量基因测序产前筛查与诊断工作相关资料 包括检测送检 单 知情同意书以及相关的数据信息均应当在产前诊断机构或承担 标本高通量测序工作的实验室保存 3 年以上 剩余血浆样本应保存 至产后 2 年以上 第三部分 高通量测序产前筛查实验室设置及运行标准 一 实验室设计与管理要求 一 高通量基因测序实验室总体设置及运行标准应符合 临床机 构实验室管理规范 卫医发 2006 73 号 的要求 二 高通量基因测序产前筛查实验室设计标准 工作基本原则及 注意事项应符合 医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法 卫 办医政发 2010 10 号 及其附件 医疗机构临床基因扩增检验实 验室工作导则 的相关要求 三 如需建立本地化存储数据库 应当独立规划一个数据存储的 机房 严格按照存储设备的要求 条件进行建设 四 实验室的安全工作制度或安全标准操作程序 所有操作符合 实验室生物安全通用要求 GB19489 2008 五 开展 NIPT 临床检测项目的实验室应使用经 CFDA 批准的检 测设备和体外诊断试剂盒 以保证检测质量 六 检测实验室应该做好仪器设备维护及保养 建立仪器设备标 签管理 档案管理 按设备要求定期进行计量校准及维护管理 七 实验室应当至少配备通过省级临床基因扩增实验室技术人员 上岗培训并获得了培训合格证书的人员 2 人 以及其他适当数量的 实验室检测人员 所有人员均需接受实验室内部住址的高通量测序 培训并通过考核 实验室应针对人员管理制定文件化程序 并保留 相关记录 八 高通量基因测序实验室应当建立针对胎儿游离 DNA 检测产前 筛查的完整质量文件体系 包括质量手册 程序文件以及标准操作 程序 SOP 文件体系 以保证检测各环节的标准 有序进行 确 保检测结果的真实性 准确性和可重复性 九 高通量基因测序产前筛查实验室的质量评价 1 质控品的使用管理 高通量基因测序产前筛查实验应半汉阴性质控品 阳性质控品 及空白对照 若无适用于高通量测序产前筛查检测的第三方商业化 阴阳性质控品 各实验室可在遵循法律法规的要求前提下 通过以 下途径获得 1 使用试剂盒自带的阴阳性质控品 2 使用罹患 21 三体综合征 18 三体综合征 13 三体综合征患 者的血浆 可作为阳性质控品 3 使用本实验室已通过核型验证的阳性样本作为阳性质控品 4 非孕期女性的血浆可作为阴性质控品 2 室内质量控制 实验室应当对检测中可能存在不确定性或产生偏差与错误的环 节进行有计划的监督和内部质量控制 1 一般室内质量控制要求 通常情况下在检测中一次检测至少添加 1 个阳性质控 1 个阴 性质控或 1 个空白对照质控与常规标本同时检测 并设定质控标准 保留质控记录 2 定期针对检验质量的内部评价 检测实验室应有计划地采用留样复测 相同样本的人员比对 不同方法相同样本比对 设备期间核查等方式定期对检测系统的稳 定性 仪器设备 新进人员等环境进行内部质控 3 室间质量评价 开展高通量基因测序产前筛查检测的实验室 应每年参加由卫 生部临检中心组织的室间质量评价活动 室间质量评估结果不合格 的应当分析原因 并采取相应的预防 纠正措施 第四部分 高通量测序产前筛查实验室工作流程及质量控制要求 一 标本的接收与拒收标准 检测实验室应制定本实验室的样本接受和拒收标准 可对不符 合检测要求的样本拒绝接受 并将拒收原因书面反馈给临床科室 具体拒收标准包括 一 样本采集或运输不当的样本 如抗凝剂使用不正确 严重溶 血或有血凝块 采血管破裂及开盖 样本标示不清 二 没有按照规定保存及运输的样本 三 影响检测结果的重要信息不完善 二 血浆分离 血浆分离操作应在标本制备区按照 SOP 进行操作并符合说明书 要求 普通 EDTA 管应从采血时起 8 小时内完成血浆分离 专用血 浆保存管从采血时起 96 小时内完成血浆分离 本操作环节需双人复 核 三 血浆 DNA 的提取 血浆 DNA 提取应在标本制备区按照 SOP 进行操作并符合说明 书要求 DNA 抽提完成后浓度及体积应符合试剂说明书的要求 否 则应重新提取 DNA 如二次提取仍不符合质量标准 应与临床进行 沟通以决定后续处理 每 3 个月应安排空白对照实验以检测实验室 环境条件并记录结果 四 文库构建与质量评估 无 PCR 过程的文库 流程和上机文库质量评估应在标本制备区 按照 SOP 进行标准化操作 文库荧光定量检测浓度应符合试剂说明 书的要求 阴性质控品无扩增 荧光定量 PCR 检测显示溶解曲线峰 图单一 无杂峰 五 高通量基因测序与数据分析 高通量基因测序应在扩增产物分析区按照 SOP 进行标准化操作 扩增产物分析区温湿度要求应符合设备说明书的要求 每个样本有 效数据量 每个样本唯一比对序列数目均应符合试剂说明书的要求 数据分析严格按照生产厂商产品说明书的具体要求进行 六 数据分析与结果判断 一 分析质控合格的样本按照生产厂商产品说明书进行实验室结 果判断 分质控不合格的样本需重提 DNA 进行二次实验 二 若最终结果根据 Z 值进行判读 则 Z 值 3 报告阳性结果 Z 值 3 报告阴性结果 非依据 Z 值判断的平台按照生产厂商产品 说明书的具体要求制定 如存在灰区样本需重提 DNA 进行二次实验 三 进行二次实验的样本如仍不符合数据分析或结果判断的质量 要求 则与临床科室沟通以确定后续处理 四 生物信息分析质控要求 实验室应通过拟定关键质控指标建立参考标准 用以监控临床 样本的数据质量 包括 GC 含量 有效数据量 GC 含量的变异系数 等指标 样本检测的以上指标应均符合试剂说明书的要求 七 实验室报告发放与异常结果的处置 一 阴性结果可按照报告规范出具实验室检测结果报告与相应解 释 二 针对 21 三体综合征 18 三体综合征 13 三体综合征的阳性 结果按照报告规范出具实验室检测结果报告与相应解释 三 检测失败 由于技术局限性 高通量测序检测会存在一定比列的检测失败 对于检测失败的样本 应发检测失败报告 并由产前诊断机构负责 对孕妇做好解释并进行下一步处理 样本检测失败的类型包括 1 两次采血检测均未达到检测技术设定的质控标准 2 两次采血提取的血浆总游离核酸浓度低不通过质控标准 3 两次采血胎儿浓度低 即在孕妇外周血中胎儿的 DNA 含量 不满足质控标准 四 检测发现的其他异常结果处理 实验结果为除 21 18 13 号染色体三体以外的其他染色体异常 多条染色体异常 母体染色体结构异常等其他异常结果时 实验室 出具 21 18 13 号染色体阴性报告 同时因与临床充分沟通 产前 诊断机构孕妇具体情况重新采血或直接产前诊断 以上沟通需有书 面记录备案 八 测序数据的存储与安全 实验室应制定措施确保基因测序数据的安全性问题与病人隐私 测序数据进行本地化存储并设置数据备份服务器 原始数据保存 3 年以上 数据存储介质与互联网无物理连接 九 实验室在标本检测过程中 应实时记录检测过程中从事操作活 动的人员 涉及的关键仪器及试剂信息 可参考附 4 第五部分 高通量测序产前筛查的综合质量要求 一 检出率要求 21 三体综合征检出率应不低于 99 18 三体综合征检出率应不 低于 85 13 三体综合征检出率应不低于 65 二 假阳性率要求 21 18 13 三体综合征的复合假阳性率应不高于 0 5 三 阳性预测值要求 21 18 13 三体综合征的复合阳性预测值应不低于 50 四 实验失败率控制要求 1 由于凝血 溶血 DNA 质量控制不合格 胎儿 DNA 含量低 等样本原因照成的实验失败率不超过 1 2 由于其它原因导致的检测失败的无报告率不超过 1