中医药大学的研究

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,包含飞,翻,翻译,整,整理,上海中医,药,药大学,中医药信,息,息学-标,准,准化研究,室,室,200032,系统生物,学,学与信息,整,整合,利用蛋白,质,质,-,蛋白质相,互,互作用的,数据，蛋,白,白质配偶,的,的特性来,分,分,类蛋白质,对,2709,种公开发,表,表的酵母,菌,菌,Saccharomyces cerevisiae,的蛋白质,之,之间的相,互,互作用进,行,行综合分,析,析，建立,了,了,1538,种蛋白质,之,之间的,2358,种相互作,用,用的,统一的大,型,型网络。,根据蛋白,质,质的相互,作,作用的配,偶,偶的已知,功,功能把,2709,种可能的,功,功能判归,给,给蛋白质,。,。,此方法正,确,确地为,72%,的,1393,种有不止,一,一个已知,功,功能的配,对,对者的特,征,征化蛋白,质,质推测了,一,一个功能,种,种类，也,用,用来推测,364,种以前的,未,未特征化,的,的蛋白质,的,的功能。,通过这种,方,方法，网,络,络能准确,的,的推测,72%,的至少带,有,有一个特,征,征性配对,者,者的,1393,种,特征性蛋,白,白质。,蛋白质从蛋白质,相,相互作用,推,推测,Marcotte,等人的推,测,测,YNR053CRNA,处理,/,修饰,(5/5),转录,细胞组建,核组建,RNA,接合,(5/5),mRNA,转录,mRNA,接合,(,e:,3,p:1),BIR1,细胞周期,控,控制(2/4)-,CNS1,细胞张力(2/3)，蛋白,质,质折叠(2/3),细,细胞,组,组建,核,组,组建(,p:33),YGL161C,小泡运输(2/3)，细胞,膜,膜融合(2/3)-,YIP3,小泡运输(3/3)-,YMR322C,细胞张力(3/3)-,YPR105C,小泡运输(2/3)-,AIP2,细胞极性(2/2),细,细胞组建,碳水,化,化合物利,用,用,碳水化合,物,物代谢,新,新陈代,谢,谢,发酵;,能,能量(,e:2,p:4),DUO1,有丝分裂(2/4)-,EBS1,碳水化合,物,物新陈代,谢,谢(2/5)-,表,1,从蛋白质,-,蛋白质相,互,互作用预,测,测蛋白质,功,功能与用,结,结合算法,（,（,combinedalgorithm,）,预测蛋白,质,质功能的,比,比较,FPR4,蛋白质合,成,成(2/3),细,细,胞,胞组建，,转,转录，核,组,组建,(e:1,two:2),GIP2,有丝分裂(2/2)-,ISA1,蛋白质合,成,成(2/2),氮,氮硫利用,代谢,氮,氮硫代谢,(,p:2),RDI1,细胞极性(2/3),G-,蛋白质(,e:1),SMY2RNA,接合,(2/2),转录,;,细胞组建,mRNA,接合,核组建，,mRNA,转录,(,e:1),YDR100w,小泡运输(2/2),细胞,质,质融合(2/2)-,YEL015WRNA,处理/修,饰,饰(2/6),转,转录;细,胞,胞组建,mRNA,接合,核组建,mRNA,转录(,e:1),YER079W,信号传导(2/2)-,YGL096WRNA,处理/修,饰,饰(2/2),RNA,接合(2/2)转,录,录;细胞,组,组建,mRNA,接合,核组建,mRNA,转录(,e:1),YJL019W,染色质/,染,染色体结,构,构(2/2)-,YKR030W,小泡运输(2/2)-,YLR128W,细胞极性(2/4)-,YLR128W,细胞极性(2/4)-,YLR269CRNA,处理/修,饰,饰(2/2),RNA,接合(2/2)-,YLR368W,蛋白质衰,变,变(2/5),氨,基,基酸新陈,代,代谢(2/5)-,细胞周期,控,控制(2/5),YLR435W,蛋白质合,成,成(2/2)-,YLR456WRNA,处理/修,饰,饰(2/4),RNA,处,理,理/,修,修,饰,饰,mRNA,转,录,录,mRNA,处,理,理(,e:1),YNL311C,氨,基,基,酸,酸,新,新,陈,陈,代,代,谢,谢(2/2)-,YPL105CRNA,接,合,合(2/2)-,a,根,据,据,蛋,蛋,白,白,质,质,相,相,互,互,作,作,用,用,推,推,测,测,仅,仅,列,列,出,出,与,与,两,两,个,个,或,或,两,两,个,个,以,以,上,上,的,的,已,知,知,功,功,能,能,的,的,相,相,互,互,作,作,用,用,配,配,偶,偶,的,的,蛋,蛋,白,白,质,质,，,，,括,括,号,号,内,内,的,的,数,数,字,字,为,某,某,一,一,功,功,能,能,的,的,相,相,邻,邻,蛋,蛋,白,白,质,质,数,数,/,已,知,知,功,功,能,能,的,的,相,相,互,互,作,作,用,用,的,的,配,偶,偶,蛋,蛋,白,白,质,质,数,数,。,。,蛋,蛋,白,白,质,质,相,相,互,互,作,作,用,用,推,推,测,测,根,根,据,据,YPD,分,类,类,。,。,b,有,关,关,完,完,整,整,的,的,数,数,据,据,见,附,附,表,表,2,。,c,表,中,中,Marcotte,等,的,的,推,推,测,测,只,只,包,包,括,括,”,高,质,质,量,量,推,推,测,测,”,括,号,号,内,内,指,出,出,推,推,测,测,的,的,方,方,法,法,(,e,为,实,实,验,验,证,证,据,据,;,p,为,种,种,系,系,发,发,生,生,轮,轮,廓,廓,（,phylogeneticprofile,）,;,两,个,个,或,或,以,以,上,上,方,方,法,法,;,数,字,字,指,指,链,链,接,的,的,数,数,量,量,具,体,体,内,内,容,容,见,见,Marcotte,等,22,相,同,同,或,或,相,相,似,似,的,的,推,测,测,用,用,斜,斜,体,体,表,表,示,示,。,。,Marcotte,s,预,测,测,用,用,MIPS,术,语,语,表,表,示,示,(2000,NatureAmericaInc.http:/),酵,母,母,双,双,杂,杂,交,交,技,技,术,术,Gal4,的,DB,-Gal4,的,AD,报道基因(,reporter gene),Gal4,的,DB-Snf1-Snf2-Gal4,的,AD,报道基因(,reporter gene),图*“-”：结合作用，“-”：相互作用，“,”：激,活基因的转录与表达作用。,转化了,Snf1,融合表达载体和,Snf2,融合表达载体,Gal4,的,DB-Snf1-Snf2-Gal4,的,AD,报道基因(,LacZ),表达,-,半乳糖苷酶,图*“-”：结合作用，“-”：相互作用，“,”：激,活基因的转录与表达作用，“”把基因被,整合到酵母染色体上；“,”：为上游调,控区。,上游调控区引入,GAL1,序列,LacZ,酵母染色体,URA3,位,GAL1,序列受,Gal4,蛋白调控,酵母的,GAL4,基因和,GAL80,基因(,Gal80,是,Gal4,的负调控因子),被缺失,（,1,）,“,“,父,父,亲,亲,”,”,BD,与,“,“,母,母,亲,亲,”,”,AD,感,情,情,危,危,机,机,；,；,（,2,）,“,“,父,父,亲,亲,”,”,BD,与,“,“,母,母,亲,亲,”,”,AD,不,愿,愿,直,直,接,接,沟,沟,通,；,；,（,3,）,“,“,父,父,亲,亲,”,”,BD,与,“,“,儿,儿,子,子,”,”,Snf1,在,同,同,一,一,载,载,体,体,，,，,“,母,母,亲,亲,”,”,AD,与,“,“,女,女,儿,儿,”,”,Snf2,在,同,同,一,一,载,载,体,体,；,；,（,4,）,通,通,过,过,姐,姐,妹,妹,之,之,亲,亲,情,情,重,重,新,新,结,结,合,合,为,为,家,家,庭,庭,：,：,“,“,父,父,亲,”,”,BD-,“,儿,子,子,”,”,Snf1-,“,女,儿,儿,”,”,Snf2-,“,母,亲”,AD,，,再次发挥家,庭,庭功能（报,告,告蛋白,质）。,上海中医药,大,大学的,医,医学知识整,合,合研究,我们人类把,关,关于人体的,科,科学分为量,子,子生物学、,分,分子生物学,、,、生物物理,学,学、生物化,学,学、细胞学,、,、组织学、,解,解剖学、生,理,理学、免疫,学,学、遗传学,大自然并没,有,有这样做，,大,大自然把一,切,切都有条不,紊,紊地融为一,体,体，把无数,机,机制、无数,元,元素（我们,将,将不断地越,来,来越多把它,们,们细分）联,成,成一个完美,的,的网络。,因此，我们,试,试图把所有,的,的生物医学,知,知识重新连,接,接或整合起,来,来也许是顺,从,从了大自然,的,的意志。,提出医学知,识,识整合问题,，,，一方面出,于,于我们对世,界,界的整体性,本,本质的理解,，,，出于对人,类,类认知事业,的,的自然归结,的,的理解，即,对,对人类认知,活,活动的本义,的,的理解。令,人,人担忧的是,这,这种整体性,本,本质在当今,崇,崇尚“拆零,”,”的还原论,者,者眼中已不,复,复存在。,另一方面出,于,于一种责任,，,，试图提醒,人,人们在医学,知,知识中就事,论,论事地或在,越,越来越狭窄,的,的领域中理,解,解和考虑问,题,题是远远不,够,够的。,提醒人们应,该,该时刻以整,合,合的眼光来,看,看生命系统,，,，提醒人们,这,这么一个事,实,实，即对生,命,命系统的了,解,解我们也许,仅,仅仅相当于,一,一个小学生,。,。,医学知识整,合,合研究可谓,“,“生逢其时,”,”。,我们知道，,人,人类基因组,工,工程对人类,基,基因组全体,基,基因的测序,刚,刚完成不久,。,。,作为人类科,学,学史上一个,伟,伟大工程，,人,人类基因组,工,工程对生命,科,科学作出了,莫,莫大贡献。,但,但有人借此,而,而提出的“,一,一个基因一,个,个病”这种,极,极端还原论,观,观点却受到,了,了严重挫折,。,。,但从另一方,面,面，这一挫,折,折却使科学,家,家们更清醒,地,地认识到，,由,由一个一个,基,基因、一个,一,一个蛋白质,（,（或酶）提,供,供给我们的,信,信息和理解,是,是有限的，,我,我们必须从,众,众多基因众,多,多蛋白质之,间,间的复杂的,关,关系（网）,中,中寻找关于,生,生命和疾病,的,的真谛。,于是形形式,式,式的生物调,节,节网络、蛋,白,白质网络、,“,“蛋白质网,络,络整合”、,“,“药物本体,整,整合”、“,生,生物化反应,网,网络”、“,多,多个独立研,究,究的医学证,据,据统计学整,合,合”,(,指循证医学,的,的,meta-,分析,),等新的生物,医,医学整合研,究,究不断涌现,、,、层出不穷,。,。,有朋自远方,来,来，不亦乐,乎,乎,仅在短短的,十,十多年前，,即,即上一世纪,80,年代末，当,时,时笔者提出,医,医学知识模,拟,拟、运算和,整,整合新研究,时,时，很有形,单,单影只之感,，,，处境相当,孤,孤独，为寻,找,找单词“整,合,合”的英文,对,对应词“,integration,”,也化了不少,功,功夫。,因为当时“,整,整合”一词,在,在科学领域,中,中还是相当,冷,冷僻的词。,然而弹指之,间,间，“整合,”,”之花已跃,然,然成势。,1.,Bao H.F.:The structure characteristicsof the newresearchQMSOCandits relevant operators,JTongji Med Univ,1989,9(4):235-238,2.BaoH.F.:Quantitativeand Computerized Medicine-NewresearchQMSOC(I),The proceedingof the First Conference of theFrontierfor Life Sciences onCentral-southChina,198