《DNAman使用方法》PPT课件

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,DNAMAN,使用方法,1,将待分析序列装入,Channel,2,以不同形式显示序列,3,DNA,序列的限制性酶切位点分析,4,DNA,序列比对分析,5,序列同源性分析,6.PCR,引物设计,7,质粒模式图绘制,DNAMAN,使用方法,DNAMAN,是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的,DNA,序列分析工具。以,DNAMAN 5.2.9 Demo version,为例，简单介绍其使用方法。打开,DNAMAN,，,可以看到如下界面：,第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，,第二栏为工具栏：,第三栏为浏览器栏：,在浏览器栏下方的工作区左侧，可见,Channel,工具条，,DNAMAN,提供,20,个,Channel,，,点击,Channel,工具条上相应的数字，即可击活相应的,Channel,。,每个,Channel,可以装入一个序列。将要分析的序列（,DNA,序列或氨基酸序列）放入,Channel,中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本,DNAMAN,提供自动载入功能，用户只需激活某个,Channel,，,然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的,Channel,中。,以具体使用,DNAMAN,的过程为例来说明如何使用,DNAMAN,分析序列。,1,将待分析序列装入,Channel,（）,通过,File/Open,命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认,Channel,。,（）,通过,Sequence/Load Sequence,菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入,Channel,。,通过,Sequence/Current Sequence/Analysis,Defination,命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（,DNA,或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。,2,以不同形式显示序列,通过,Sequence/Display Sequence,命令打开对话框，如图所示：,根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：,Sequence&Composition,：显示序列和成分,Reverse Complement Sequence,：,显示待分析序列的反向互补序列,Reverse Sequence,：,显示待分析序列的反向序列,Complement Sequence,：,显示待分析序列的互补序列,Double Stranded Sequence,：,显示待分析序列的双链序列,RNA Sequence,：,显示待分析序列的对应,RNA,序列,3,DNA,序列的限制性酶切位点分析,将待分析的序列装入,Channel,，,点击要分析的,Channel,，,然后通过,Restriction/Analysis,命令打开对话框，如下所示,：,按扭，出现下列对话框：,参数说明如下,：,Results,分析结果显示,其中包括：,Show summary,：,显示概要，,Show sites on sequence,：,在结果中显示酶切位点,Draw restriction map,：,显示限制性酶切图，,Draw restriction pattern,：,显示限制性酶切模式图,Ignore enzymes with more than,：,忽略大于某设定值的酶切位点,Ignore enzymes with less than,：,忽略小于某设定值的酶切位点,Target DNA,：,目标,DNA,特性,Circular,：,环型,DNA,，,dam/,dcm,methylation,：,dam/,dcm,甲基化,all DNA in Sequence Channel,（,选择此项，在,Sequence Channel,中的所有序列将被分析，如果选择了,Draw restriction pattern,，,那么当所有的,channel,中共有两条,DNA,时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上,DNA,时，则只能用一个酶分析。,选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框：,Enzyme,：,代表,enzyme data file,，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，,restrict.enz,和,dnamane.enz,，,如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中,restrict.enz,数据文件包含,180,种限制酶，,dnamane.enz,数据文件包含,2524,种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如,puc18 multiple cloning sites,），然后点击,按钮出现下列对话框：,按钮出现下列对话框：,输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。,Cutter,酶切识别序列长度；,End,酶切产生的末端，其中包括，,Blunt,（,平头末端），,5Overhang,（,5,突出粘性末端）,3Overhang(3,突出粘性末端,),，系统根据,cutter,和,end,的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击 按钮执行操作。,4,DNA,序列比对分析（,Dot Matrix,Comparision,）,要,比较两个序列，可以使用,DNAMAN,提供的序列比对工具,Dot Matrix,Comparision,（,点矩阵比较）通过,Sequense,/Dot matrix,comparision,命令打开比对界面，如下图：,点击对比界面左上角的 按钮，出现下列对话框,：,4,DNA,序列比对分析（,Dot Matrix,Comparision,）,参数说明如下：,Sequence type,序列类型,Sequence 1,参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在,Channel,中，点击下拉箭头，选择相应的,Channel,，,则被选中的,Channel,中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在,File,选择框上点击即可。通过,Length,选择参加比对的序列片段。,Sequence 2,参加比对的第二序列选择框；选项说明同上,Show Sequence,选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；,Annotations,是否显示注释,4,DNA,序列比对分析（,Dot Matrix,Comparision,）,Comparision,比对参数，其中,Window,代表,Window size,（,单位比对长度），,Mismatch,代表,Mismatch size,（,单位比对长度中许可的错配值），要快速比对，需将此项设为,0,。,Both,stran,代表双链比对，选择此项，是指用,Sequence 2,中的的正链和负链分别和,Sequence 1,比较，,Sequence 2,链与,Sequence 1,正链比较结果用黑色点表示，与 负链比对结果用红色点表示。,Plot box,：点阵图表显示参数,Position,：起点坐标，,Width,：宽度值，,Height,：高度值，,Frame size,：边框线粗度值，,Dot size,：点粗度值，,Gridline,：虚线框数。,参数设定好后，点击按钮 执行操作,。,5,序列同源性分析,（,1,）两序列同源性分析,通过,Sequence/Two Sequence Alignment,命令打开对话框，如下所示：,参数说明如下：,Alignment method,：比对方法，通常可选,Quick(,快速比对,),或,Smith&Waterman,(,最佳比对,),，当选择快速比对时，设置较小的,k-tuple,值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的,k-tuple,值（,DNA,序列：,k-tuple,值可选范围,2-6,；蛋白质序列：,k-tuple,值可选范围,1-3,）,5,序列同源性分析,（,2,）多序列同源性分析,通过打开,Sequence/Multiple Sequence Alignment,命令打开对话框，如下所示：,参数说明如下：,File,：,从文件中选择参加比对的序列,Folder,：,从文件夹中选择参加比对的序列,Channel,：,从,channel,中选择参加比对的序列,Dbase,：,从数据库中选择参加比对的序列,Remove,：,清除选择的序列,Clear,：,清除全部序列,点击,按钮，出现对话框：,（,2,）多序列同源性分析,如果在前一对话框选择的是,Fast alignment,则在此对话框中选择,Quick alignment,否则选择,Dynamic alignment,即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的,使其它参数取原始默认值,。,点击 按钮，出现下列对话框：,（,2,）多序列同源性分析,点击对话框中间的 ，然后点击 执行操作。结果如下所示：,（,2,）多序列同源性分析,点击左上角 按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击 按钮下的 按钮，出现下列选择项,：,（,2,）多序列同源性分析,可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如,Tree/homology tree,命令）。,显示蛋白质二级结构：（,Protein Secondary Structure,命令），,绘制限制性酶切图：（,Restriction Analysis,命令）等。,同源关系图举例如下：（,Tree/Homology Tree,命令）,（,2,）多序列同源性分析,6.PCR,引物设计,首先，将目标,DNA,片段装入,Channel,并激活,Channel,。,点击主菜单栏中的,Primer,主菜单，出现下拉菜单，如下所示：,点击,Design PCR Primers for DNA,命令，出现下列对话框：,6.PCR,引物设计,Primer locations on target:,引物定位,Product size:,扩增目的片段大小,Sense primer:,正向引物选择区,Antisense,primer:,反向引物选择区,Primer:,引物特性 包括,Length:,引物长度，,Tm,值,GC,含量等参数；,Reject primer:,引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）,3dimer:,可形成,3,端自我互补的碱基数,Hairpin stem:,可形成发卡颈环结构的碱基数,PolyN,:,多聚碱基,3Uique:3,端严格配对碱基数,Primer-Primer:,含义未知,All matches:,引物互补配对百分数,Consentrations,:,浓度设定,Product for,hybridyzat,:PCR,产物用于,Southern Blot,探针杂交,6.PCR,引物设计,点击 按钮，出现下列对话框：,选择选项，点击 按钮，出现,:,7,画质粒模式图,我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。,DNAMAN,提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。通过,Restriction/Draw map,命令打开质粒绘图界面,：,7,画质粒模式图,将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“,I”,时，单击鼠标左键，出现如下菜单：,Position:,当前位置,Add Site:,添加酶切位点,Add Element:,添加要素,Add Text:,添加文字,Insert Fragment:,插入片断,Copy Fragment:,复制片断,Cut Fragment:,剪切片断,Remove Fragment:,清除片断,Frame Thickness