多媒体技术在《结构化学》课程中的应用 - 南开大学结构化学

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,多媒体技术在结构化学课程中的应用,孙宏伟,sunhw,南开大学化学学院,Part 1结构化学多媒体的使用,Part 2结构化学多媒体的制作,Part 3结构化学多媒体素材制作,Part 1结构化学课程中多媒体的使用,1结构化学讲授难点,基本概念多，涉及课程基础多,电子结构部分有大量相对比较抽象的理论概念和问题，同学们不易理解,空间结构部分要在有限的课时中使同学们熟悉大量分子和晶体的三维结构，不易建立空间概念，不易掌握,课时与内容的矛盾,2结构课堂使用多媒体优点,图示和背景知识抽象概念的理解,标准函数图和3D插件波函数性质,动画、交互插件分子、晶体结构,减少板书，增加讲解时间课时少,3,南开多媒体使用的历程,2001年前，全部板书，空间部分带模型,2002年，开始使用多媒体教学,氢原子波函数电子云图（图片，Origin, Surfer）,分子对称性(Symapps),晶体结构(WebLabViewer),2003年，部分使用多媒体教学,Orbital Viewer,Symapps,WebLabViewer,2004年 多媒体 2/3,PovRay,2005年 多媒体 90%,PovRay,CorelDraw,2006年 全部采用多媒体，规范格式 增加动画,2007年现在 逐年修改，更改为9章,VRML,4 演示空间结构的两个利器,Symapps 6.0,Discovery Studio ViewerLite 5.0,Symapps 6.0,集成在ChemWindows 6.0中,安装文件：17M,显示分子3D结构(效果并不好),内置MM2力场，可将2D结构转为3D模型,计算分子点群，显示对称元素,支持链接文件类型直接打开,Symapps 6.0,支持输入文件格式,.hin HyperChem,.ent .pdb PDB,.mol MDL,.mop .mpc Mopac,.sma Symapps,支持输出文件格式,.xyz,.pdb,.sma,Symapps 6.0,简单应用示例,在ChemWindows 绘制环己烷,选择工具选择环己烷,Other菜单选择Symapps,Symapps 6.0,单击计算3D结构按钮,得到优化后的环己烷,选择球棍模型按钮,显示球棍模型,单击计算点群按钮,出现参数对话框，选OK，给出计算点群结果,双击点群，显示对称元素,Symapps 6.0,鼠标在3D工具栏拖动，可将分子进行旋转、平移、放大或缩小,选择对称元素按钮，可选择性地选择显示某种对称元素,保存为.sma格式,Symapps 6.0,Symapps 6.0提供了44个Sample文件涉及以下点群：,C,2,C,2,h,C,2,v,C,3,v,C,4,v,C,i,C,s,D,2,d,D,2,h,D,3,D,3,d,D,3,h,D,4,h,D,5,h,D,5,d,D,6,h,S,4,T,d,O,h,I,h,C:Program Files (x86)Bio-Rad LaboratoriesSymAppsSamples,扭曲烷(twistane),三乙二胺合钴离子,Symapps课件应用实例,使用超链接打开Symapps可观察,D,n,群中,C,2,轴位置,Symapps课件应用实例,T,d,群,正四面体构型的分子,全部对称元素：,4,C,3, 3,S,4, 6,Symapps新版本KnowItAll,优点：,显示改进,输出视频动画(对称操作),缺点：,无法使用链接,KnowItAll 8.3 安装文件：93M,Academic Edition FREE 注册激活, 5.0,安装文件小 5.7M,高水准分子显示功能,对晶体、蛋白质核酸有特殊显示功能,支持输入文件格式多,可直接输出较高水平的图片,支持输出专业3D渲染软件POVRAY,支持链接文件类型直接打开,ViewerLite 5.0,支持输入文件格式,.msv (Viewer binary file format,.pdb .ent (Brookhaven Protein Data Bank),.mol .sdf .sd .mdl (Molecular Design, Ltd. MDL),.car (Accelrys, Insight II),.csd .fdat .dat (Cambridge Structural Database Crystallographic files),.mol2 (Tripos),msf (Accelrys, QUANTA),.msi (Accelrys, Cerius2),.cpd (Accelrys, Catalyst),.chm (Accelrys, Catalyst Query),.cif (Crystallographic Information File),.xyz (generic),.skc (MDL, ISIS),.grd (Accelrys, Insight II Grid File),.wvc (Viewer Command File),ViewerLite 5.0,ViewerLite 5.0,ViewerLite 5.0,简单应用示例1 分子结构显示,打开SymApps构建的环己烷,另存为XYZ格式：cyclohexane.xyz,Viewerlite打开cyclohexane.xyz,单击显示样式按钮,可选择分子模型的样式,左工具栏调整模型角度、大小和位置,选 按Shift键可绕垂直屏幕的轴旋转,ViewerLite 5.0,ViewOption可调整整个显示的参数，如可将显示质量设为Ultrahigh，调整光源位置等等,保存文件为msv格式，各种显示参数，包括观察角度均保留。,也可保存图片，可设图片大小，得到质量较好的图片(建议bmp格式),ViewerLite 5.0,ViewOption,可调整背景颜色,可设置depth cue 用雾状效果分清原子前后位置,可设置透视效果,Tools,Hydrogen 可隐藏/显示 增加/移除 H原子,Monitor 可标记原子间距离、键角、二面角，氢键等,Surface可绘制分子表面,ViewerLite 5.0,简单应用示例2 晶体结构显示,立方ZnS,注：pdb格式的晶体数据文件可从网上获得，也可自己编辑,打开ZnS(c).pdb,打开Display Style,Atom选择Ball and Stick，,Cell选择line (红色),调整角度，设置效果光源等,保存为.msv格式,ViewerLite 5.0,简单应用示例3 晶体结构显示,TiO,2,打开TiO,2,.pdb,Display StyleAtom选择Scaled Ball and Stick,存在2个问题：,其一，顶点Ti-Ti间显示有键，可选择该键，按Del删除,其二，离子半径显示不合理 Ti,4+,(0.603)，O,2-,(1.38),EditSelect，元素选择O，显示样式调整球比例为0.5,同样选择Ti，调整球比例为0.25，两离子比例相当,保存为.msv格式,ViewerLite 5.0,应用示例4 多晶胞显示等,TiO,2,ToolsCrystal CellPreference,选择,a b c,两方向均为2个单位，得到8晶胞,选择O，设CPK模式，显示O堆积,重新改为单晶胞,设显示模式Polydron,可显示Ti的配位多面体，显示,八面体空隙位置,ViewerLite 5.0课件应用实例,晶胞体对角线方向，依次显示各层密置层(Del删除选择的一层，z恢复撤消操作),如何从ABCABC堆积取出立方面心,ViewerLite 5.0课件应用实例,如何演示CaF,2,阴离子堆积,8晶胞,选择Ca原子,不显示Ca原子,5 VRML应用,Virtual Reality Modeling Language,描述三维造型与交互环境的简单的文本语言,优点：,体积小，简单的仅几K，网络传输迅速,支持交互、可从多角度观察,可以制作动画,可方便找到Free制作软件,插件 Cortona3D, 制作、使用多媒体课件的体会,一、页面设计,同级标题字号、字体大小一致,每页标题位置固定,多个平行图形大小一致，位置对齐,模板选择适合上课场合,页面布局合理，各种符号、公式规范,N,宋体,楷体,黑体,仿宋,B,宋体,楷体,黑体,仿宋,B/S,宋体,楷体,黑体,仿宋,18,磅字体,24,磅字体,28,磅字体,32,磅字体,36,磅字体,40,磅字体,44,磅字体,48,磅字体,建议选用楷体黑体,字号在24-40磅间,二、字体/字号,建议对比明显，课堂尽可能选用浅色背景，深色字,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,各种颜色背景,三、背景/颜色搭配,德布罗意在,1923,年,9-10,月一连写了,3,篇短文，并于,1924,年向巴黎大学理学院提交了题为,量子理论的研究,的博士论文。在这些论文中，他提出了所有的物质粒子都具有波粒二象性这个具有深远意义的假设。,1929,年获得,Nobel,物理奖,模型现有理论无法解释假设新理论的诞生,德布罗意,(Prince Victor de,Broglie,),出生在法国一个显赫的贵族家庭，中学毕业后进入巴黎大学攻读历史。,18,岁大学毕业,(1910),，在哥哥影响下对物理发生兴趣。一战后师从朗之万,(Paul,Langevin,),，其博士论文中想象之大胆，使朗之万也认为想象过分，“这个博士生的想法近似荒诞，但是其中物理思想展现的很是完美动人。”,论文副本寄给爱因斯坦，爱因斯坦看出德布罗意的理论揭示了光子和物质粒子之间的对称性，立即意识到,该思想的深远意义，他热情地复信给朗之万，称赞德布罗意“已揭开了巨大帷幕的一角”。,1929,年凭此论文获得诺贝尔奖。,实物粒子的波粒二象性,德布罗意在,1923,年,9-10,月一连写了,3,篇短文，并于,1924,年向巴黎大学理学院提交了题为,量子理论的研究,的博士论文。在这些论文中，他提出了所有的物质粒子都具有波粒二象性这个具有深远意义的假设。,1929,年获得,Nobel,物理奖,模型现有理论无法解释假设新理论的诞生,实物粒子的波粒二象性,德布罗意,(Prince Victor de Broglie),出生在法国一个显赫的贵族家庭，中学毕业后进入巴黎大学攻读历史。,18,岁大学毕业,(1910),，在哥哥影响下对物理发生兴趣。一战后师从朗之万,(Paul,Langevin,),，其博士论文中想象之大胆，使朗之万也认为想象过分，“这个博士生的想法近似荒诞，但是其中物理思想展现的很是完美动人。”,论文副本寄给爱因斯坦，爱因斯坦看出德布罗意的理论揭示了光子和物质粒子之间的对称性，立即意识到,该思想的深远意义，他热情地复信给朗之万，称赞德布罗意“已揭开了巨大帷幕的一角”。,1929,年凭此论文获得诺贝尔奖。,四、动作按钮,使用动作按钮可以快速在幻灯片间切换,建议只应用必要动画，并尽可能避免设置慢速。,幻灯片切换不建议使用动画，文字逐行/逐字出现慎用,五、动画应用/幻灯片切换,CaF,2,型,所属晶系：,等同离子套数：,空间点阵型式：,结构基元内容：,立方,3(2,套,F,-, 1,套,Ca,+,),立方,F,2,个,F,-, 1,个,Ca,+,CaF,2,型,一个晶胞中的,结构基元数 ：,离子数和分数坐标：,4,个,Ca,+,:,8,个,F,-,:,4,CaF,2,型,负离子堆积方式：,正负离子配位数比：,立方简单,8:4,正离子所占空隙,类 型,分 数,空隙位置,、数目及,占有位 置,立方体,4/8=1/2,共,8,个,中心,1,个,(,空,),顶点,1,个,(8,1/8)(,占,),棱心,3,个,(12,1/4) (,空,),面心,3,个,(6,1/2) (,占,),判断过程：,有无高次轴：,有无多个高次轴:,有无,C,2,C,3,：,有无,h,:,有无,d,:,C,3,C,2,d,有,C,3,无,无,有,D,3,d,有属二,面体群,椅式环己烷,六、需要注意的问题,尽可能使用通用字体,尽量使用通用Office版本(如2003),如果使用公式编辑器，机器上必须有Symbol/MT Extra两种字体，否则易出现乱码,不要使用动画声音(如连接音箱),