生物大分子构象采样方法与自由能计算课件

一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行陈长军2016.6生物大分子构象采样与自由能计算生物大分子构象采样与自由能计算华中科技大学物理学院中科技大学物理学院.1一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行副本交换采样方法副本交换采样方法.2一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行I.主流动力学采样方法主流动力学采样方法二、偏倚采样二、偏倚采样一、非偏倚采样一、非偏倚采样Adaptively Biased Molecular DynamicsAdaptive Biasing ForceMetadynamicsUmbrella Sampling MethodReplica Exchange Molecular DynamicsSimulated Annealing势函数，势函数，坐标数，坐标数，迭代方式迭代方式.3一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行J.Chem.Phys.,Vol.112,1 2000J.Chem.Phys.,Vol.118,1 2003J.Chem.Phys.,Vol.109,8 1998三、约束动力学采样三、约束动力学采样.4一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行II.副本交换采样方法副本交换采样方法微软学术搜索微软学术搜索.5一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Phase space(r,p)PotentialT1T2.6一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Z.W.Ulissi http:/www.rikenresearch.riken.jp/eng/frontline/6290)副本可以在副本可以在哈密顿空间哈密顿空间或温度空间或温度空间排列排列时间时间Sugita,Y.;Okamoto,Y.Chem Phys Lett 1999,314,141-15Replica Exchange Molecular Dynamics(1999)Parallel Tempering(1997)Hansmann,U.H.E.Chem Phys Lett 1997,281,140-150.7一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行副本交换方法的效率取决于两点：副本交换方法的效率取决于两点：单副本采样时间，多副本交换频率单副本采样时间，多副本交换频率replica 3replica 2replica 1.8一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行多副本交换频率多副本交换频率单副本采样时间单副本采样时间分段分段REMD模拟模拟.9一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行TimeTemperaturesSimulated tempering(1992)Marinari,E.;Parisi,G.Europhys Lett 1992,19,451-458Rosta,E.;Hummer,G.J Chem Phys 2010,132,034102.10一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Okur,A.;Roe,D.R.;Cui,G.;Hornak,V.;Simmerling,C.J Chem Theory Comput 2007,3,557-568.reservoir REMD(2007)Simulation time?Temperature?.11一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Li,Y.;Protopopescu,V.A.;Arnold,N.;Zhang,X.;Gorin,A.Appl Math Comput 2009,212,216-228Hybrid PT/SA(2009)replica 3replica 2replica 1.12一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Infinite swapping(2011)Plattner,N.;Doll,J.D.;Dupuis,P.;Wang,H.;Liu,Y.;Gubernatis,J.E.J Chem Phys 2011,135(13),134111.13一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Infinite swapping(2011)Plattner,N.;Doll,J.D.;Dupuis,P.;Wang,H.;Liu,Y.;Gubernatis,J.E.J Chem Phys 2011,135(13),134111Terms in xyz:N!N!=40320.14一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行直接引入非活跃副本（直接引入非活跃副本（inactive replica）III.我们的工作我们的工作.15一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行检验分布函数检验分布函数 （量子谐振子，（量子谐振子，3 replicas VS.10 replicas）T=5.0 toT=1000.0n=0 to n=9n=0 to n=9.16一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行检验分布函数（丙氨酸二肽检验分布函数（丙氨酸二肽 3 replicas VS.7 replicas）T=300,353,416,489,576,679 and 800K.17一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行性能比较性能比较 （Ising模型）模型）T=1.4reduced magnetization.18一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行T=1.4 to 1.8不同数目的活跃副本在固定不同数目的活跃副本在固定的的8 8个温度上模拟个温度上模拟REMDSimulated Temperingour method性能比较性能比较 （Ising模型）模型）.19一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行T=1.4 to 1.82 2个活跃副本在不同数目的个活跃副本在不同数目的温度上模拟温度上模拟性能比较性能比较 （Ising模型）模型）自由能计算误差自由能计算误差.20一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行实际表现（实际表现（Trpzip2发卡发卡）Chen,C.and Y.Xiao,Observation of multiple folding pathways of-hairpin trpzip2 from independent continuous folding trajectories.Bioinformatics,2008.24:659-665.21一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行1212个副本个副本1212个温度个温度6 6个副本个副本6 6个温度个温度6 6个副本个副本1616个温度个温度.22一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行温度空间分布函数比较温度空间分布函数比较能量空间分布函数比较能量空间分布函数比较.23一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行能量函数能量函数热熔函数热熔函数自由能函数自由能函数.24一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行.25一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行1 Chen,C.and Y.Huang,Walking freely in the energy and temperature space by the modified replica exchange molecular dynamics method.J.Comput.Chem.,2016.37:1565-1575.2 Chen,C.,Y.Xiao,and Y.Huang,Improving the replica-exchange molecular-dynamics method for efficient sampling in the temperature space.Phys.Rev.E,2015.91:052708.相关文章相关文章.26一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行自由能计算与路径优化自由能计算与路径优化.27一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行J.Chem.Phys.,Vol.112,1 2000J.Chem.Phys.,Vol.118,1 2003J.Chem.Phys.,Vol.109,8 1998I.约束动力学方法约束动力学方法.28一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行J.Schlitter and M.Klahn,Mol.Phys.101,3439(2003).反应坐标反应坐标集合坐标集合坐标笛卡尔坐标笛卡尔坐标单值问题？单值问题？连续可微问题？连续可微问题？H=(1-)H1+H2.一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Chen,C.,Y.Huang,and Y.Xiao,Free-energy calculations along a high-dimensional fragmented path with constrained dynamics.Phys.Rev.E.,2012.86(3-1):031901.30一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Ala dipeptide.31一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行in vacuumin implicit solvent.32一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行constrained simulationrestrained simulation.33一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行II.优化反应路径优化反应路径A.Ulitsky and R.Elber,J.Chem.Phys.92,1510(1990)SDPsaddle pointSDP.34一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行MEPMFEPSDPsaddle pointSDPstring method,2006Maragliano,L.;Fischer,A.;Vanden-Eijnden,E.;Ciccotti,G.J Chem Phys 2006,125,024106.35一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行36one-the-fly string model,2007Maragliano,L.;Vanden-Eijnden,E.Chem Phys Lett 2007,446,182-190.36一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行我们的方法：势能面优化我们的方法：势能面优化 +最速下降最速下降+约束动力学约束动力学Chen,C.,Y.Huang,X.Ji,and Y.Xiao.Efficiently finding the minimum free energy path from steepest descent path.J.Chem.Phys.2013.138:164122.37一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行.38一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行丙氨酸十肽丙氨酸十肽.39一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行快速优化快速优化 -断层扫描方法断层扫描方法Chen,C.,Y.Huang,W.Jiang,and Y.Xiao,A fast tomographic method for searching the minimum free energy path.J.Chem.Phys.,2014.141:154109丙氨酸二肽丙氨酸二肽.40一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行Ace-GGPGGG-Nme peptidecubic B-splineAdaptively Biased Molecular DynamicskernelV.Babin,C.Roland,and C.Sagui,J.Chem.Phys.2008,128:134101.41一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行路径优化路径优化Chen,C.,Y.Huang,W.Jiang,and Y.Xiao,A fast tomographic method for searching the minimum free energy path.J.Chem.Phys.,2014.141:15410921 snapshots.42一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行the fast tomographic method(solid lines,path 1,4,10)vs constrained method(dashed lines,path 0,100,200 and 300)Chen,C.,Y.Huang,W.Jiang,and Y.Xiao,A fast tomographic method for searching the minimum free energy path.J.Chem.Phys.,2014.141:154109丝氨酸二肽丝氨酸二肽.43一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行丝氨酸二肽丝氨酸二肽21 snapshots.一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行free energy surfaces for the 12th(a),14th(b),16th(c)and 18th(d)snapshotsfast tomographic method(solid lines,path 1,4,10)vs constrained method(dashed lines,path 0,100,200 and 300).45一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行fast tomographic method(solid lines,path 1,4,10)vs constrained method(dashed lines,path 0,100,200 and 300).46一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行III.局部自由能计算局部自由能计算1)1)单点计算单点计算2)2)全空间采样全空间采样3)3)沿特定路径计算沿特定路径计算4)4)局部计算局部计算.47一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行改进的改进的SHAKE和和RATTLE约束动力学方法约束动力学方法Chen,C.,Calculation of the local free energy landscape in the restricted region by the modified tomographic method.J.Phys.Chem.B,2016.120:3061-3071.48一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行丝氨酸二肽丝氨酸二肽实际测试实际测试.49一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行苏氨酸苏氨酸.50一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行1 Chen,C.,Calculation of the local free energy landscape in the restricted region by the modified tomographic method.J.Phys.Chem.B,2016.120:3061-3071.2 Chen,C.,Y.Huang,W.Jiang,and Y.Xiao,A fast tomographic method for searching the minimum free energy path.J.Chem.Phys.,2014.141:154109.3 Chen,C.,Y.Huang,X.Ji,and Y.Xiao,Efficiently finding the minimum free energy path from steepest descent path.J.Chem.Phys.,2013.138:164122.4 Chen,C.,Y.Huang,X.Jiang,and Y.Xiao,Binding free-energy calculation of an ion-peptide complex by constrained dynamics.Phys.Rev.E.,2013.87:062705.5 Chen,C.,Y.Huang,and Y.Xiao,Free-energy calculations along a high-dimensional fragmented path with constrained dynamics.Phys.Rev.E.,2012.86(3-1):031901.6 Chen,C.and Y.Xiao,Accurate free energy calculation along optimized paths.J.Comput.Chem.,2010.31:1368-1375相关文章相关文章.51一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行感谢感谢华中科技大学物理学院计算生物物理团队在肖奕教授的领导华中科技大学物理学院计算生物物理团队在肖奕教授的领导下，经过多年发展，建立了相当规模的计算机集群，现有下，经过多年发展，建立了相当规模的计算机集群，现有计算节点计算节点3737个个CPUCPU计算核心计算核心240240个个GPUGPU计算卡计算卡5151个个.52一旦我单位在贵局承办的“海峡两岸渔业资源增殖放流活动”放流苗种招标中中标，我单位将严格按照招标方案的要求和合同的约定执行谢谢大家谢谢大家!.53