第十二讲-美国医学文献数据库课件

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2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室1医学文献数据库MEDLINE2012.122023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室1医学文献数据2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室2一、数据库概况一、数据库概况(一)编制单位:美国国立医学图书馆(一)编制单位:美国国立医学图书馆(NLM)(NLM)。(二)收录学科内容:(二)收录学科内容:n主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。文献。n包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究;临床、护理、公共卫生、卫生艺学、基础研究;临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。政策发展或相关教育活动的内容。n20002000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。方面的研究内容。2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室2一、数据库概2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室3(三)文献来源:(三)文献来源:n7070多个国家和地区;近多个国家和地区;近56005600种生物医学期刊种生物医学期刊n美国卫生研究院文献选择技术评估委员会美国卫生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)Committee(LSTRC)评估挑选评估挑选nNLMNLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。和各专业协会的数据协作采集专家推荐。n近年数据涉及近年数据涉及3939种语种,回溯至种语种,回溯至19461946年的数据涉及年的数据涉及6060种语种。种语种。45%45%为美国本土出版文献,为美国本土出版文献,91%91%为英文文为英文文献,献,83%83%的文献有文摘。的文献有文摘。(根据根据20122012年数据库年数据库helphelp文文档)档)一、数据库概况一、数据库概况2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室3(三)文献来2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室4二、二、MEDLINE的检索平台的检索平台n广域网免费平台:广域网免费平台:nNCBI-PubMed(含非(含非MEDLINE数据)数据)2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室4二、MED2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室5n校园网内可用平台(校园网内可用平台(IP控制):控制):nOvid SPnWeb of KnowledgenEBSCOnOCLC First Search二、二、MEDLINE的检索平台的检索平台2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室5校园网内可用2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室6校园网内可用平台的校园网内可用平台的Medline2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室6校园网内可用2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室7PubMed数据库检索数据库检索http:/www.pubmed.gov2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室7PubMed2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室8(一)开发机构:(一)开发机构:nNCBI(美国国立生物技术信息中心)(美国国立生物技术信息中心)http:/www.ncbi.nlm.nih.gov nNCBI的任务的任务:n利用计算机信息处理技术,建立分子生物学、生物化利用计算机信息处理技术,建立分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统,并开展相关学、遗传学知识的自动存储和分析系统,并开展相关先进方法的研究。先进方法的研究。n促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。的使用。n促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。一、一、PubMed简介简介2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室8(一)开发机2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室9NCBI网站网站2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室9NCBI网站2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室10NCBI提供的数据库提供的数据库n检索大分子生物学数据检索大分子生物学数据n获取获取GenBank,EMBL等数据库的核酸序列;等数据库的核酸序列;n获获取取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等等蛋蛋白白质质序序列列,从核酸序列翻译到蛋白质的序列;从核酸序列翻译到蛋白质的序列;n获获取取基基因因和和染染色色体体图图谱谱;蛋蛋白白质质三三维维结结构构数数据据及及大大分分子子模模式式(MMDB)等等其其他他生生物物信信息息数数据库检索。据库检索。nPubMed等文献数据。等文献数据。2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室10NCBI提2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室11n广域网免费提供题录和文摘广域网免费提供题录和文摘n提供与原文的网址链接提供与原文的网址链接(部分免费获取)部分免费获取)n提供检索词智能转换匹配提供检索词智能转换匹配n界面简洁,操作简便界面简洁,操作简便(须须IE7.0IE7.0以上版本以上版本)(二)(二)PubMed的特点的特点2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室11广域网免费2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室12nMEDLINE Indexed1966 to prensent的的MEDLINE已标引数据,已标引数据,有有MeSH字段和摘要,每条记录标有:字段和摘要,每条记录标有:PubMed-indexed for MEDLINE 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low back pain”“ang 1”(血管紧张素(血管紧张素1缩写)检出缩写)检出1085篇篇比较:比较:ang 1 检出检出9956篇,误检多,其中有:篇,误检多,其中有:三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室27截词检索:2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室282023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室282024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室29n自动转换匹配检索词:自动转换匹配检索词:对对常常用用医医学学名名词词自自动动在在规规范范词词索索引引(主主题题词词、副副主主题题词词、物物质质名名称称)中中转转换换、并并默默认认在在所所有有记记录字段中匹配。录字段中匹配。如如:liver cancer liver neoplasmsMeSH Terms OR(liverAll Fields AND neoplasmsAll Fields)OR liver neoplasmsAll Fields OR(liverAll Fields AND cancerAll Fields)OR liver cancerAll Fields三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室29自动转换匹2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室30结果显示页右侧结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换显示系统自动匹配转换的检索词的检索词2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室30结果显示页2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室31n自动转换匹配检索词:自动转换匹配检索词:如:如:hypertension therapyDetails:(hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields)AND(therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields)三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室31自动转换匹2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室32四、四、PubMed 检索滤过检索滤过(filter):nPubMed结果显示页结果显示页2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室32四、Pub2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室33五、五、PubMed 高级检索功能高级检索功能n一个网页中集多种功能于一体一个网页中集多种功能于一体基本检索基本检索检索细节检索细节检索式编制检索式编制检索历史检索历史其他检索资源其他检索资源结果预览结果预览检索框中只能输入检索词,不能输入检索式。检索框中只能输入检索词,不能输入检索式。多个字段检索要分多次输入。多个字段检索要分多次输入。检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。可组配检索式,如:可组配检索式,如:#1 OR#2,#1 AND child点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。在在History中快速显示检索式与检出篇数中快速显示检索式与检出篇数显示转换规范词及运算的详细过程,可确定规范词显示转换规范词及运算的详细过程,可确定规范词2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室33五、Pub高级检索界面高级检索界面检索历史高级检索界面检索历史2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室35六、六、PubMed其他资源其他资源1.Mesh Database(规范化医学主题词表)(规范化医学主题词表)n功能:功能:n确定规范化主题词确定规范化主题词n查看主题词词义注释、树状结构表查看主题词词义注释、树状结构表n选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词n进入途径:进入途径:nMeSH Database链接:链接:PubMed主页,主页,Advanced Search界面界面nMeSH选项:基本检索框前选项:基本检索框前Search下拉菜单的下拉菜单的2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室35六、Pub2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室36进入进入 MeSH2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室36进入 MeMeSH 词表字顺界面词表字顺界面主题词主题词定义MeSH 词表字顺界面主题词主题词定义MeSH详细注释界面详细注释界面副主题词同义词主题词族系MeSH详细注释界面副主题词同义词主题词族系2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室39选钩副主题词确定副主题词之间的关系添加检索需求重要主题词确认不扩展检索确认2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室39选钩副主题MeSH词检索词检索n课题:果蝇的神经发育学研究课题:果蝇的神经发育学研究n关键词:关键词:Drosophila neural developmentn主题词结合自由词检索:主题词结合自由词检索:2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室40MeSH词检索课题:果蝇的神经发育学研究2023/8/11复2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室41主题词结合自由词检索2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室41主题词结合检索结果2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室42检索结果2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室42自由词检索:Drosophila neural development genes2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室43尚未标引主题词的最新文献补充尚未标引主题词的最新文献补充自由词检索:Drosophila neural devel2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室44点击标题显示点击标题显示文摘增强格式文摘增强格式文献归类功能文献归类功能PMC免费全文链接免费全文链接七七.显示结果显示结果2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室44点击标题显2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室45文摘增强格式文摘增强格式相关论文相关论文MeSH词、物质名、词、物质名、文献类型等信息文献类型等信息LinkOut外部资源链接外部资源链接全文链接,我校订购的数据库可链全全文链接,我校订购的数据库可链全文,需在校园网内设免费代理文,需在校园网内设免费代理相关的网上免费医学指南信息相关的网上免费医学指南信息全文链接,部分需连外网全文链接,部分需连外网2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室45文摘增强格2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室462023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室462024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室47八八.输出方式选择(输出方式选择(send 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effect(AND)n匹配副主题词:匹配副主题词:drug therapy,surgery,therapy,rehabilitation2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室55MeSH词药物名称药物名称MeSH检索检索药物名称MeSH检索2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室57疾病概念疾病概念MeSH检索检索2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室57疾病概念M第十二讲-美国医学文献数据库课件疗效观察疗效观察MeSH检索检索疗效观察MeSH检索第十二讲-美国医学文献数据库课件MeSH检索的优点检索的优点n查全同义词查全同义词:如:如:renal/kidney insufficiency;tongue cancer/tumorn查全子概念查全子概念:如:如:acute kidney injury;ATN;chronic kidney insufficiency;MeSH检索的优点查全同义词:查全子概念:查全子概念:自动扩展检索下位词自动扩展检索下位词勾选后不扩展勾选后不扩展下位词下位词树树形形结结构构上位词上位词MeSH检索的优点检索的优点查全同义词查全同义词查全子概念:勾选后不扩展下位词树形结构上位词MeSH检索的优2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室63MeSH检索的优点检索的优点n根据树形结构调整检索词根据树形结构调整检索词缩小:不扩展下位词,或选用某个下位词;缩小:不扩展下位词,或选用某个下位词;扩大:选用上位词,或选用多个同位词;扩大:选用上位词,或选用多个同位词;n了解同一概念的同义词、近义词,供自由词检索参考了解同一概念的同义词、近义词,供自由词检索参考款目词:规范词款目词:规范词所替代的不同表所替代的不同表达形式的自由词达形式的自由词2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室63MeSH检2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室64MeSH检索的优点检索的优点n提高文献相关度提高文献相关度n标有有MeSH词的都是文章的主的都是文章的主题,筛去非主去非主题的文章的文章nMajor Topic Headings(加权,重点论述的主题)(加权,重点论述的主题)带带*的是文献的是文献重点论述的主题重点论述的主题2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室64MeSH检2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室65MeSH检索的缺陷检索的缺陷n人工人工标引引费时,最新,最新论文文还未未标MeSH词(In Process),用),用MeSH会漏会漏检。nMedline不收录的文献,不收录的文献,Supplied by publisher的文献,不标的文献,不标MeSH词。词。n新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如:如:SARS(03年词表中没有),舌根癌年词表中没有),舌根癌n查上述类型的文献需查上述类型的文献需结合自由合自由词检索索2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室65MeSH检2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室66九、九、PubMed其他资源其他资源2.Journal in NCBI Database(期刊信息库)(期刊信息库)n通过输入刊名全称或缩写、通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出号等浏览期刊出版社等详细信息。版社等详细信息。n提供期刊:提供期刊:n在在PMC中的免费全文链接中的免费全文链接n在在Nucleotide,Protein,Pubmed等库中的记录链接。等库中的记录链接。n相关的其他期刊相关的其他期刊2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室66九、Pub输入待检期刊名输入待检期刊名期刊详细信息期刊详细信息全文等链接全文等链接输入待检期刊名期刊详细信息全文等链接2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室68十、十、PMC(PubMed Central)n生命科学免费期刊资源中心生命科学免费期刊资源中心n免费提供免费提供900多种期刊的多种期刊的10多万篇全文多万篇全文n其中部分文献被其中部分文献被PubMed涵盖涵盖2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室68十、PMC2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室69进入进入PubMed Central下拉主页滚动条下拉主页滚动条至底至底2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室69进入Pub2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室70PMC首页进入高级检索首页进入高级检索2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室70PMC首页2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室71查找肾衰竭的药物疗法查找肾衰竭的药物疗法2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室71全文链接2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室71查找肾衰竭 GoPubmed文献分析文献分析 GoPubmed文献分析2024/6/28复旦大学图书馆文献检索教研室73GoPubmed文献分析工具文献分析工具lGoPubMed是是德德国国Transinsight公公司司和和德德国国德德累累斯斯顿顿大大学学合合作作开开发发,对对PubMed检检索索结结果果进进行行筛筛选选、分析的工具。分析的工具。l智能搜索、交互式筛选找出重要论文。智能搜索、交互式筛选找出重要论文。2023/8/11复旦大学图书馆文献检索教研室73GoPub为什么为什么GoPubMed有如此大的功能?有如此大的功能?包括生物医学包括生物医学所有概念及其所有概念及其语义关系语义关系GO 基因词库基因词库MeSH主题词表主题词表PRO 蛋白质词库蛋白质词库为什么GoPubMed有如此大的功能?包括生物医学所有概念及WWWWWWGopubmed的统计分析功能Gopubmed的统计分析功能GoPubMed可以告诉我们可以告诉我们4WWhatWhoWhere WhenGoPubMed可以告诉我们4WWhatWhoWhereWh第十二讲-美国医学文献数据库课件自动显示备选主自动显示备选主题词题词鼠标移动至主题鼠标移动至主题词可显示注解、词可显示注解、同义词等同义词等自动显示备选主题词最近检索最近检索历史历史最近检索历史四个四个“W”查看发表文献最多的作者查看发表文献最多的作者四个“W”查看发表文献最多的作者案案 例例 分分 析析v H1N1流感的研究进展利用GoPubMed查找相关文献,并了解以下四个“W”:What What,WhoWho,WhereWhere,WhenWhen;了解涉及甲流病毒研究甲流病毒研究甲流病毒研究甲流病毒研究的文章;查找中国内地(不含省港澳)关于达菲达菲达菲达菲治疗甲甲甲甲流流流流influenza A virus H1N1influenza A virus H1N1的研究文章案 例 分 析 H1N1流感的研究进展输入规则同输入规则同PubMed输入规则同PubMed分析功能分析功能分析功能时间分析时间分析国家分析国家分析时间分析国家分析城市分析城市分析刊物分析刊物分析城市分析刊物分析地区分布图地区分布图地区分布图主题分析主题分析作者分析作者分析主题分析作者分析研究人员关系网研究人员关系网线条越多,线形越多,地位越重要研究人员关系网线条越多,线形越多,地位越重要课题发展趋势课题发展趋势课题发展趋势高频词列表高频词列表按研究领域分类按研究领域分类What高频词列表按研究领域分类WhatWhat 文献按研究领域分类文献按研究领域分类What 文献按研究领域分类了解专家们的研究了解专家们的研究了解专家们的研究了解研究的分布了解研究的分布了解研究的分布用稿期刊分析用稿期刊分析用稿期刊分析按时间分析按时间分析按时间分析找寻最新文献,找寻最新文献,了解研究进展了解研究进展找寻最新文献,了解研究进展了解抗病毒了解抗病毒药物物应用于甲流用于甲流的情况的情况Antiviral Agents 382 第十二讲-美国医学文献数据库课件第十二讲-美国医学文献数据库课件相关的相关的Mesh词词链接到维基百科链接到维基百科摘要摘要期刊信息期刊信息相关的Mesh词链接到维基百科摘要期刊信息查找中国内地使用达菲找中国内地使用达菲治治疗甲流的研究文章甲流的研究文章点击知识点选择框+表示逻辑与AND-表示逻辑非NOT空白表示无限制自动同步生成检索式,点击“Find it”检索即可查找中国内地使用达菲治疗甲流的研究文章点击知识点选择框自动同检索结果处理显示所有记录的摘要打开结果输出菜单显示文献统计分析显示当前记录显示当前记录摘要摘要将当前记录加将当前记录加入剪贴板入剪贴板管理者模式管理者模式管理者模式管理者模式用户可以以管理者的角度对计算出来的相关概念进行评价。+表示高度相关表示高度相关表示高度相关表示高度相关o o表示相关性弱表示相关性弱表示相关性弱表示相关性弱-表示不相关表示不相关表示不相关表示不相关不正确不正确不正确不正确还可以进行概念检索评价的时候用鼠标点击即可评价的时候用鼠标点击即可从本记录中从本记录中计算出来的计算出来的相关概念相关概念检索结果处理显示所有记录的摘要打开结果输出菜单显示文献统计分检索结果处理显示文摘输出文件(Endnote)显示统计数据输出记录输出记录可以链接可以链接到全文到全文检索结果处理显示文摘输出记录挑选文献并添加至剪贴板将记录从剪贴板中去除将记录从剪贴板中去除挑选文献并添加至剪贴板将记录从剪贴板中去除获取全文获取全文获取全文
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