生化讨论课ppt课件

李涵乔罗忠育汤不器P53基因表达检测RT-PCR李涵乔罗忠育汤不器P53基因表达检测RT-PCR1实验目的根据GenBank中P53基因的部分序列(GenBank登录号:AH007667.2)，设计引物，确定RT-PCR的参数，检测P53基因在血细胞中的表达情况。实验目的根据GenBank中P53基因的部分序列(GenBa2CONTENTS0203在在Genbank中中查查找找p53基因基因04反转录的引物05PCR参数设定目录01检测p53基因的表达基因表达的检测方法CONTENTS0203在Genbank中查找p53基因04301基因检测的方法01基因检测的方法4基因检测的方法在蛋白质水平在DNA水平在MRNA水平Northern印记杂交RT-PCR.基因检测的方法在蛋白质水平在DNA水平在mrna水平Nort5mRNA水平上ReverseTranscriptionPCR RNA提取cDNA反转录PCRNorthern印记杂交Northern印记杂交基因表达水平mRNA水平上ReverseTranscriptionP6RT-PCRRT-PCR(反转录PCR技术)RNA的反转录（reversetranscription）和cDNA的聚合酶链式扩增（PCR）相结合的技术。其原理是先在反转录酶的作用下，以mRNA为模板合成cDNA，再以此cDNA为模版进行PCR反应低丰度的mRNA通过RT-PCR得以扩增，便于检测RT-PCRRT-PCR(反转录PCR技术)RN7123随机六聚体引物：用此种方法时，体系中所有RNA分子全部充当了cDNA第一链模板，PCR引物在扩增过程中赋予所需要的特异性。通常用此引物合成的cDNA中96%来源于rRNA。特异性引物：用含目标RNA的互补序列的寡核苷酸作为引物，用此类引物仅产生所需要的cDNA，导致更为特异的PCR扩增。RT-PCR所用的引物Oligo(dT)：是一种对mRNA特异的方法。因绝大多数真核细胞mRNA具有3端Poly(A)尾，此引物与其配对，仅mRNA可被转录，特异地将mRNA从总RNA中分离出来123随机六聚体引物：用此种方法时，体系中所有RNA分子全802在Genbank中查找p53基因02在Genbank中查找p53基因9查找p53基因序列使用GENBANK，P53登陆号AH007667.2http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank查找p53基因序列使用genbank，p53登陆号AH00710生化讨论课ppt课件11生化讨论课ppt课件12生化讨论课ppt课件13生化讨论课ppt课件1403引物设计03引物设计1515263748引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性产物不能形成二级结构引物长度一般在1530碱基之间G+C含量在40%60%之间碱基要随机分布引物自身及之间不能有连续4个碱基的互补引物5端可以修饰引物3端不可修饰引物3端要避开密码子的第3位引物设计的原则15263748引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性产物16PRIMERPREMIER5.0PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件，其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和纹基分析窗口（Motif），这里我们主要介绍其引物设计功能。引物设计Primerpremier5.0PrimerPremi17启动界面引物设计启动界面引物设计18在此输入需扩增的DNA序列引物设计在此输入需扩增的DNA序列引物设计19引物设计引物设计20引物设计引物设计21引物设计引物设计22引物设计引物设计23引物设计引物设计24Hairpin：发夹结构Dimer：二聚体FalsePriming：错配CrossDimer：交叉二聚体引物设计Hairpin：发夹结构引物设计25引物设计引物设计26引物设计引物设计27保存选择满意的引物引物设计保存选择满意的引物引物设计28所选引物引物设计所选引物引物设计2904确定RT-PCR的参数04确定RT-PCR的参数30确定RT-PCR的参数确定四项参数循环次数27次延伸温度和时间73度 60秒退火温度和时间55度 45秒变性温度和时间94度 30秒变性退火循环次数延伸确定RT-PCR的参数确定四项参数循环次数延伸温度和时间退火31确定RT-PCR的参数一、变性温度和时间变性：cDNA在较高温度下（93-98）由双链变性解链成单链，有利于与引物结合。温度与时间：预变性951min变性9530s或9715s（变性不完全，DNA双链会很快复性，因而减少产量。在变性中，温度太高或反应时间过长，会导致酶活性的损失。）模板DNA变性不充分是PCR失败的主要原因。确定RT-PCR的参数一、变性温度和时间变性：cDNA在较高32确定RT-PCR的参数二、退火温度和时间退火：变性的DNA单链快速冷却至（37-65）使引物与DNA单链结合。退火温度决定PCR的特异性（增加退火温度会增加引物的识别，同时可降低引物3端核苷酸的错误延伸。）而引物退火温度和所需时间长短取决于反应体系中的基本组成及扩增引物的长度和浓度。退火时间：3060s退火温度：比扩增引物的Tm值低5确定RT-PCR的参数二、退火温度和时间退火：变性的DNA单33确定RT-PCR的参数三、延伸温度与时间引物延伸温度一般为72（70-75），此时TaqDNA聚合酶活性最高不合适的延伸温度不仅会影响扩增产物的特异性,亦会影响其产量。延伸的时间决定于扩增模板的长度，小于1kb的片段一般1min左右，而10kb的片段可能需要15min或更长时间。确定RT-PCR的参数三、延伸温度与时间引物延伸温度一般为34确定RT-PCR的参数四、循环次数理论上20-25个循环后，扩增DNA产物累计可达最大值，实际操作中25-30较合理。需要进一步增加产量时，可将第一次PCR产物稀释后再扩增，而不要盲目增加循环数，以免增加非特异扩增。确定RT-PCR的参数四、循环次数理论上20-25个循环后35确定RT-PCR的参数常用底物浓度Taq聚合酶浓度1.0-2.5U/100L引物浓度0.1-0.5mol/LdNTP的浓度20-200mol/LMg离子浓度0.5-2.5mmol/L四、确定反应底物浓度确定RT-PCR的参数常用底物浓度Taq聚合酶浓度1.0-23605检测p53基因的表达05检测p53基因的表达37出现的原因以及解决方法1.假阳性：常常由于实验材料的啮齿类动物p53基因为突变型2.出现非特异性扩增带：一旦出现了非特异性扩增，就考虑及时更换引物，或者采取高温退火等措施3.假阴性：少加了东西或者酶失活了，或退火温度太高，模板质量问题等，解决办法就是检查是否少加东西降低退火温度或者做个梯度，可以相应提高镁离子浓度，仍然失败后可以考虑二次PCR。基因表达检测出现的原因以及解决方法1.假阳性：常常由于实验材料的啮齿类动38电泳结果分析1.Marker（DNA分子量标准）2.cDNA3.假阳性对照（出现的PCR扩增条带一致，有时更整齐更明亮）4.假阴性对照（什么条带没有）1234基因表达检测电泳结果分析1.Marker（DNA分子量标准）139常见异常结果1.假阳性：出现的条带数与目的靶序列条带一致，有时其他条带更整齐，亮度更高2.出现非特异性扩增带：PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带3.假阴性：什么条带都不出现基因表达检测常见异常结果1.假阳性：出现的条带数与目的靶序列条带一致，有40出现的原因以及解决方法1.假阳性：常常由于实验材料的啮齿类动物p53基因为突变型2.出现非特异性扩增带：一旦出现了非特异性扩增，就考虑及时更换引物，或者采取高温退火等措施3.假阴性：少加了东西或者酶失活了，或退火温度太高，模板质量问题等，解决办法就是检查是否少加东西降低退火温度或者做个梯度，可以相应提高镁离子浓度，仍然失败后可以考虑二次PCR。基因表达检测出现的原因以及解决方法1.假阳性：常常由于实验材料的啮齿类动41ThankyouThankyou42