蛋白同源建模及分子对接

蛋白同源建模及分子对接蛋白同源建模及分子对接基本策略建立模型：Swiss-model、Modeller模型检测：Save模型优化：Chiron再次检测：Save分子对接：Autodock序列与模板相似度，30%模板可用GMQE（Global Model Quality Estimation）是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计，数值在0-1之间，越接近于1表示模型越接近实验结果。Swiss-model同源建模QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis)QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分，包括四个结构描述符：All atom：成对原子距离依赖性电位C-：C-相互作用势能Solvation：残基包埋情况Torsion：扭转角分布蛋白模型 局部(每个氨基酸)Z-scoreZ-score在pdb数据库中所有蛋白中的分布Modeller软件Modeller是一种用Python语言编写的，可用于本地建立分子模型的软件。然而，很多人并不熟悉Python语言，因此有人编写了一个Moldoller的GUI界面的软件Easymodeller，Easymodeller科用于简单的单模板建模。目前Modeller最新版本为9.16 Easymodeller 最新版本为4.0。与在线建模软件相比，Modeller还可进行模型的修饰、多模版建模等操作。Easymodeller建模确定模板NCBI blast，blastp选择pdb数据库，identity30%模板可用。也可用Swiss-model来寻找合适模板。Easymodeller界面粘贴序列添加模板，3-10个建立模型以4e9q.A为模板，建立了CueO的蛋白模型，左图为不含有铜辅基的模型，右图为含有4个铜辅基的模型。铜离子蛋白模型的检测与评价以Swiss-model构建的CueO模型为例Swiss-model构建的CueO的蛋白模型SAVE网站评估蛋白模型Procheck红色：核心区域黄色：允许区浅黄色：大致允许区空白：禁阻区ERRATverify3dProve结果总结一根据SAVES的检测结果，需要局部优化的部位如下：Procheck：位于 gener区域的残基。ERRAT：错误建模区域（置信度高于99%），残基集中于140160，300320,400420之间。Verify3d：得分90%ERRAT Overall quality factor83.570 60.042 接近91%Verify3d Averaged 3D-1D score0.287.45%89.5%80%Prove Z-score average1.392.11-0.10 0.10Z-score RMS31.8338.131.0Autodock 4.0分子对接受体：以Swiss-model构建的CueO模型为例，未经优化。配体：文献中所给出的CueO的底物之一二乙醇胺（Diethanolamine）准备受体和配体CueODiethanolamineGrid box参数设置分子对接结果展示待解决的问题1.蛋白模型的评估还需完善。2.蛋白模型的优化：因为在线网站Chiron的优化效果并不好，所以在查阅文献后，拟用本地软件olex2进行局部优化。3.分子对接的评价。4.为确定酶底物，最好补充一个虚拟底物筛选试验，拟用Autodock Vina软件完成。结束语结束语谢谢大家聆听！谢谢大家聆听！26