病毒的分类与命名

第四章 病毒分类和命名 第四章 病毒分类和命名病毒是一类比较原始的、有生命特征的、能够自我复制和严格细胞内寄生的非细胞生物病毒的定义随着分子病毒学的发展而不断延伸类病毒、卫星病毒、朊病毒的发现丰富了病毒学的内容病毒分类学是随着病毒学尤其是分子病毒学的发展而建立起来的，并逐渐走向成熟。 生物资源种类类 群 已 知 种 估 计 种 已 知 种 占的 比 例 %病 毒5 450 400 000 1.3细 菌6 660 100 000 6.7真 菌72 000 1 500 000 5藻 类40 000 400 000 10被子植物270000 320 000 84原生动物40 000 200 000 20线 虫15 000 500 000 3昆 虫950000 8 000 000 12鱼 类19 000 24 000 80鸟 类9 198 9 500 100哺乳动物4 170 4 300 100仅从1994年的不完全统计，已有新发现约40种病毒对人类健康构成新的威胁； AIDS、疯牛病、肝炎、感冒、SARS； 本章要点了解病毒分类的现状病毒分类与其它微生物分类的区别病毒分类的主要依据 第四章 病毒分类和命名一、病毒分类与命名的沿革二、关于病毒密码程式三、病毒分类进展及最新分类系统 一、病毒分类与命名的沿革1. 1961以前 各自研究领域的科学家提出或建立一些分类系统，进展缓慢，缺乏国际间的协作；2. 19621966 借助国际微生物学术会议(1966, 莫斯科)， 建立国际病毒命名委员会(ICNV，International Committee for Nomenclature of Virus)3. 19661970 Wildy 任ICNV主席期间，组织国际间的协 作，发表ICNV的第一次报告4. 1971 今 病毒分类与命名的工作得到巩固和发展 一、病毒分类与命名的沿革 1961以前植物病毒分类法(1) Johnson H oggan 提出的分类标准(1935):病毒传播方式及昆虫介体自然的寄主植物范围及鉴别寄主在活体外的存活期致死温度症状特点 一、病毒分类与命名的沿革 1961以前植物病毒分类法(2) H ansen (1956):强调拉丁双名法的属名应反映出寄主类别、传播方式及病毒颗粒形态，分4目：蚜传病毒目(Aphivirales)叶蝉传病毒目(Cicavirales)无介传病毒目(Invirales)介传传病毒目(Xenovirales) 一、病毒分类与命名的沿革 1961以前动物病毒分类法根据组织胚胎学与病毒的组织亲和性，将脊椎动物病毒分为8个类群临床及流行病学分类法（根据病毒传染途径、侵染部位及所致的症状分10群）昆虫病毒分类法(根据病害类型、包含体有无及形状分45属） (1)外胚层病毒群 (2)外胚层及内胚层病毒群 (3)中胚层及内胚层病毒群 (4)外胚层向神经性病毒群 (5)内胚层向神经性病毒群 (6)中胚层病毒群 (7)血流感染病毒群 (8)致肿瘤病毒群 (1)呼吸道病毒群 (2)肠道病毒群 (3)肝炎病毒群 (4)皮肤及黏膜病毒群 (5)虫媒病毒群 (6)神经系统病毒群 (7)眼病毒群 (8)唾液腺病毒群 (9)慢病毒群 (10)肿瘤病毒群(1)波氏病毒属：多角形包涵体 (2)史氏病毒属：折光性和多态性的包涵体 (3)勃氏病毒属：细胞质内有颗粒状包涵体 (4)瓦氏病毒属：昆虫痘病毒 (5)摩氏病毒属：无包涵体 一、病毒分类与命名的沿革2. 19621966成立国际病毒命名委员会(ICNV），制定4项基本方针：必须明确列出病毒的组（或属）提出这些组的代表成员（种）提出各组（或属）的名称探讨利用密码进行分类的方法存在问题：（1） 存在明显的不调和态度（2） 脊椎动物病毒分类与其他病毒分类差别显著（3） 需同时应用专门知识并采取共同途径（4） 制定病毒学工作者愿意采用的病毒名称 一、病毒分类与命名的沿革 19661970 Wildy 任ICNV主席,第一次报告病毒的分类与命名，描述并划定43个属（或相当于属的组、群）及其他成员； 病毒学论文集第5卷采用了密码进行分类（每个密码包括4对符号）；通过了“国际病毒命名法则”，共18项。 一、病毒分类与命名的沿革4. 1970国际病毒命名委员会(ICNV)改为国际病毒分类委员会(ICTV, 1973) ；第三届国际病毒学代表大会， ICTV报告特点：v从实际工作出发，首先按宿主分五大类；v病毒的化学组成、形态结构、生理生化仍是重要依据；v增加了科、属、种、群名词的词源；v设立七个小组委员会。 ICTV 八次报告(2005年7月），不断修改。寄生于一种以上寄主只寄生于脊椎动物只寄生于无脊椎动物只寄生于细菌只寄生于植物 病毒分类的国际组织机构1 病毒命名分会委员会（SCNV) 1951 Submittee on Virus Nomenclature巴西 里约热内卢： 第五届国际微生物学会议 SCNV推荐病毒分类的8条标准：1、形态和复制方法2、化学成分和物理性质3、免疫学性质4、对物理、化学因子的敏感性5、自然传播方式6、与寄主、组织或细胞的关系7、包括内含体形成的病理学8、症状学（1951年第五届国际微生物学会）把早期分类学上的生物学特性，特别是症状学特性降到相对次要的地位 病毒分类的国际组织机构国际病毒分类委员会 病毒命名筹备委员会(PCNV) 1963Preparatory Committee for Nomenclature of Virus 国际病毒命名委员会(ICNV) 1966International Committee for Nomenclature of Virus国际病毒分类委员会(ICTV) 1973年International Committee on Taxonomy of Virus PCNV推荐病毒分类的8条标准：1、核酸的类型、结构和分子量；2、病毒粒子的形状和大小；3、病毒粒子的结构；4、病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；5、血清学性质和抗原关系；6、病毒在细胞培养上的繁殖特性；7、对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性；8、流行病学特征。（1963年国际微生物学命名委员会病毒分会） ICNV的宗旨：1、建立一个国际公认的病毒分类系统2、为各分类组群确定一个国际公认的 名称3、通过举行会议、出版报告、交流病毒学家关于病毒分类和命名的最新结果 二、关于病毒密码程式cryptogram核酸类型 核酸分子量 病毒粒子外形 寄主种类 ： ： ： 核酸链类型 核酸含量 核衣壳外形 传播方式/传播介体 R/1 : 2/5 : E/E : S/ORNA/SS: 200万Da/5% : 截头杆状/截头杆状: 种子植物/确切介体不详R/1 : 2.3/5+ 0.6-1.3/5 : E/E : S/Ne (TRV)1966年，国际病毒命名委员会ICNV建立“编码子委员会”1977年终止 三、病毒分类进展及最新分类系统1、病毒的命名与分类仍然很乱，不够统一命名：地名(马尔堡，布尼亚)、人名(Rous, Epstein&Barr)症状或病理特征(花叶，登革热，脊髓灰质炎等)病毒粒子形态(弹状、丝状等)宿拼字、字母、数字(Bromo, T4, X174)分类：动物病毒分类等级科、属、种植物病毒组、亚组、种 三、病毒分类进展及最新分类系统 95年以前植物病毒不设目 95年采用科、属、种分类系统 1991年ICTV第5次报告设1个目： 单分子负链RNA病毒目 Mononegavirales 1999年第7次分类报告：认可的病毒约4000种，设3个目将所有已知的病毒，根据核酸的类型分为八大类群: DNA病毒ssDNA病毒 DNA病毒dsDNA病毒 DNA与RNA逆转录病毒 RNA病毒dsRNA病毒 RNA病毒负链、ssRNA病毒 RNA病毒正链、ssRNA病毒裸露RNA病毒类病毒另增设亚病毒因子(subviral agent) 2、病毒最新分类系统：1999年第7次分类报告：3个目、64科、233属有尾噬菌体目caudovirales 3科 dsDNA单分子负链RNA目mononegavirales 4科 -ssRNA 套病毒目nidovirales 2科 +ssRNA未确定目 55科未确定目、科（独立属） 29属 亚病毒感染因子：subvirus 卫星病毒 satellites 类病毒 viroids 2科 朊病毒 prions不是所有病毒都必须隶属某个目，在没有适当目的情况下，科可以是最高的病毒分类等级 2002年，在巴黎召开ICTV会议，产生6个新科，8个新属 另有3个属名发生变化 2、病毒最新分类系统：2005年第8次分类报告(1259页)： 5450个病毒 3个目； 73科、11亚科； 289属 1950种最大特点：进一步明确了“种”作为病毒分类系统中的最小分类阶元，在每一个确定种下面列出了至少1个、至多几十个不同的分离物以及它们在 G enBank 上的登录号，增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系统树图，并将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科/属中，使读者对病毒粒子空间结构有更详细的了解。 三、病毒分类进展及最新分类系统1、病毒“种species”的定义：A virus species is defined as “a polythetic class of viruses that constitutes a replicating lineage and occupies a particular ecological niche” 构成一个复制谱系系统进化特性(共同祖先） 占据特定的小生境特定的生物学特性、地理 分布、寄主范围、致病机理等 具有多个分类特征多原则分类“Species”:一个基本分类单元，一大群表型特征高度相似，亲缘关系极其接近，与同属内其它物种有明显差异的菌株的总称。 植物病毒曾使用：1、俗名法 寄主俗名+症状特点+“病毒”烟草花叶病毒Tobacco mosaic virus2、目录法寄主俗名+“病毒”+在寄主上发现的顺序TMV Tobacco virus 1 TEV Tobacco virus 7 (etch 蚀纹）3、拉丁双名法寄主属名+病毒 TMV Nicotiana virus 3、病毒的命名不统一 4、病毒命名的一般规则：v病毒命名不是采用Linnaeus创立的双名法地名、人名(如Rous、EB)症状或病理特征(如花叶、登革热、脊髓灰质炎)病毒粒子形态(如弹状、丝状、纺锤状)宿拼字、字母、数字(如T4)v为了使病毒命名能够统一，ICTV在原有的病毒分类和命名规则的基础上，于1996年8月在耶路撒冷召开的第十届国际病毒大会上，公布了病毒分类和命名38条规则。1998年在ICTV常务委员会的提议下，又批准了41条新的分类和命名规则。（一般规则、种的规则、属的规则、科的规则书写规则） 4、病毒命名的一般规则：1、分类和命名应是国际性的并普遍适用于所有病毒；2、国际病毒分类系统采用目(order)、科(family)、亚科(sub family)、 属(genus)、种(species)分类阶元；3、ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际专家小组确定；4、人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予考虑，它们的分类由公认的国际专家小组负责；5、分类阶元只有在病毒代表种的特性得到充分了解和在公开出版物上进行过描述，以致于明确了它们的分类地位，并使其分类阶元与其他类似的分类阶元相区别时，才能确定；6、当病毒种有明确的科、而分属末确定时，这一病毒种在分类 学上称为该科的未确定种(unassigned species)。 病毒命名的一般规则：名称的改变、新名称以及分类单元的设立 应正式提交给ICTV常务委员会，在作出决定之前， ICTV分会委员会和研究小组应进行充分的协商新名称的选用应考虑国家和地区敏感性问题 病毒的命名词尾： 属名：-virus 科名 -viridae 亚科名-virinae 目：-virales 类病毒： -viroid Tobamovirus按规范的分类学惯例，病毒目、科、亚科、属的认可名称，均用斜体印刷，名称的第一个字母需大写种的名称用斜体印刷，第一个词的首字母需大写，除专有名词或专有名词的一部分之外，其他词首字母一律不大写。 Tobacco mosaic virus 病毒种的鉴别同一病毒属内不同病毒种的鉴别，主要依据下列7个特征：v 基因组序列的相关性；v 天然的宿主范围；v 细胞和组织的嗜亲性；v 致病和细胞病变特点；v 传播方式；v 生理生化性质；v 抗原特性。 病毒的分类依据 本章要点了解病毒分类的现状病毒分类与其它微生物分类的区别病毒分类的主要依据