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dxx+dxx|2 |2dx本图参考Atkins “Atkins Physical Chemistry” 自选图形线条曲线绘制曲线鼠标右键“编辑顶点”调整画坐标、2条竖线、2箭头自选图形线条任意多边形，画出阴影部分调整线粗细加文本框注解选上所有的对象，鼠标右键组合(也可x剪切，选择性粘贴为Windows元文件)几个小技巧：画直线或箭头按Shift键容易画水平或垂直线；调整线长短时按Shift键不改变线的方向；使用键盘键调整对象位置时，按Ctrl键可逐点移动 程序：Chemwin选粗键，按Shift拉长选择刚画好的键，按Ctrl复制两个到第二排选择第二排两个键，k(或“Arrange-Space Objects”)排列对象，水平30点 G将二个键组合为组复制这两个二个键二次复制第一个键，12221形式全选(A)， k，垂直排列对象30个点删除中间两个键鼠标右键T，输入a+b，字体更改为Symbol复制到合适位置，更改为各能级值加上电子、苯结构式 Chemwin使用可参考网站讲义计算机在化学中的应用 程序：Origin打开Origin点击“New Graph”按钮 GraphAdd Fuction Graph Plot Detail窗口，F1(x)处输入函数x2*(2-x)2*exp(-x) /8 按OK双击x轴和y轴，调整坐标范围修饰，得到函数图 2 2 2 22,0 1( ) 28 rD r r R r r e 0 5 10 150.000.050.10 0.150.20D(r) r/aOrigin使用可参考网站讲义计算机在化学中的应用 215 sin sin216xyd 程序：Origin打开Origin鼠标右击Data1窗口A(X)位置选择Set Column Value按右图输入列号范围(1-361)和公式(i-1)*pi/180产生0360的弧度值右击B(Y),设置列值为Y的函数值：(15/pi)0.5*0.25*sin(col(A)*2)空白处鼠标右击，添加两列右击C(Y)和D(Y)，分别设两列值为col(B)*cos(col(a)与col(B)*sin(col(a)右击C(Y)set as X选择C(X2)与D(Y2)，Plot Line按钮鼠标右击Graph1窗口的“1”处，选择Layer Property， 设置纸宽高一致，显示比例相同修饰图形_ _+ y x+ 2 /33 1 27 18 281 3 rs r r e 程序：Surfer打开Surfer网格函数输入函数(放大了250倍)，确认z = (27-18*sqrt(x*x+y*y)+2*(x*x+y*y)*exp(-sqrt(x*x+y*y)/3)地图线框图打开out.grd双击线框图，调整查看角度，调整比例，不显示基面双击轴，将轴显示略去，直接拷贝即可得到网格图，也可输出为WMF格式 程序：Surfer打开Surfer网格函数输入函数(放大了倍数)，设增量0.2确认z = pow(27-18*sqrt(x*x+y*y)+2*(x*x+y*y)*exp(-sqrt(x*x+y*y)/3),2)地图等值面图打开out.grd双击等值面图，“常规”，选“填充、平滑等值线”等级，设等值线等级填充前景色，将0设为白色，20设为黑色线条式样为不可见标注设到边界距离5in(不需要标注)不显示坐标即可得到电子云黑点图由于矢量图太大，建议输出位图 程序：Calc3D打开Calc3D下拉菜单选择3D-Data函数形式选择Z(x,y)函数栏添函数(8为调整函数值大小)8*sin(pi*x)*sin(2*pi*y)设置x,y范围为01单击Calculate按钮，得到函数图调整z方向显示比例设置表面颜色设置是否显示坐标和箱子鼠标右键可选择图形编辑形式可保存为WMF格式 程序：SurfX3D打开SurfX3D Newf(x,y,z)=0F(x,y,z)=abs(C1*C2*C3)-0.1C1=sin(2*x*pi)C2=sin(2*y*pi)C3=sin(2*z*pi)设置显示表面颜色R=C1*C2*C3*1000G=0B=-C1*C2*C3*1000设置x,y,z范围01，Mesh Size为50调整显示x,y,z方向的线，线数20点Draw按钮画图 C即可拷贝图片，也可输出为VRML和 POVRAY格式 程序：Orbital Viewer单击New按钮，默认画出4fz3轨道单击Orbital按钮“=” n=3，l=d，m=0，Done显示3dz2轨道设置渲染的形式、点数、颜色等各种参数，可得到好的效果可存为位图或VRML1.0格式 程序：POVRAY作为专业绘图程序，POVRAY结构化学素材显得非常简单，但效果非常好，下面是主要部分(参考3pz.pov)注意POVRAY是左手坐标系，需要更换Camera /设置相机参数light_source /设置光源Background /设置背景颜色 union sphere , 1 pigment rgbt finish F /原子核object /函数轮廓isosurfacefunction 0.001*z*(6-sqrt(pow(x,2)+pow(y,2)+pow(z,2)*exp(-sqrt(pow(x,2)+pow(y,2)+pow(z,2)/3)+0.0007 contained_by sphere Axis-1 accuracy 0.2 max_gradient 0.02 open pigment rgbt finish F cylinder , , 0.18/Scale pigment rgb finish F /圆柱cone , 0.72/Scale , 0 pigment rgb finish F /圆锥/写坐标符号text ttf timesi.ttf x 0.1 0.1 pigment rgb finish F scale 3.6/Scale translate rotate scale Scale /设置放大比例 rotate /设置转动角度translate/移动位置 程序：Hyperchem(商业软件)专业分子模拟程序构建苯分子 Setup选择半经验量子化学计算方法AM1 Compute进行优化 ComputeOrbitals修饰分子和分子轨道图可直接拷贝位图 程序：Gaussian GaussView(商业软件)专业量子化学计算程序 Gaussian计算苯分子(AM1) %chk=ben.chk GaussView打开ben.chk ResultSurface Cubes ActionsNew Cube选择分子轨道，序号11 Surface ActionsNew Surface 显示苯的分子轨道可存为BMP文件 程序：Arguslab(Free)专业分子模拟程序构建苯分子，并保存(必须) Calculation选择Optimize Geometry QM选择半经验量子化学方法AM1 Start进行优化 Calculation选择Energy选择Surface性质-选择分子轨道1318 OK Start Surface-Make Surfaces鼠标将MO18拖到Grid窗口，Creat Currently Defined Surface中选Simple Surface按Toggle Display、OK可以存BMP或POV文件 程序：Gabedit(Free)专业分子模拟显示程序可以读各种量子化学软件的输出文件右图通过Gaussian输出的CH4分子轨道Cube文件绘制可以存BMP或POV文件BMPPOVRAY Hyperchem Viewer Pro ArgusLabGaussView VMD MolkelGabedit 程序：ViewerLite+POVRAY专业显示软件+专业绘图软件 ViewerLite打开环己烷D3d-1.msv调整显示角度至满意 FileSave as POV格式D3d-1.pov POVRAY打开D3d-1.pov左侧下拉菜单选择图片大小按Run按钮完成渲染(结果为BMP文件) “camera ” 后加 “ orthographic” 正交视图调整光源，增加第一个光源的亮度，并设置不显示阴影，二、三光源显示阴影调整模型显示效果，增加光滑度 Run得到下面图1的效果调整颜色效果可得图2、图3图1图2图3 程序：GaussView+ViewerLite+POVRAY为添加对称元素，需要标准的坐标 GaussView打开分子结构数据 EditPoint Group选择Enable Point Symmetry按Symmetrize对称化(显示点群正确)保存输出文件为MOL格式 ViewLite打开，选择显示模式，保存POV POVRAY中，添加对称元素生成BMP图片 程序：ViewerLite+POVRAY与分子结构程序相似，只增加了晶胞显示 程序：WinXMorph(Free 注册)指定晶体的点群、晶面指标等即可得到各种典型晶体外型打开WinXMorph FileNew Symmetry 选择点群-m3(Th) Accept Add Face 加210面，删除110面，得到Th典型的五角十二面体，可保存为BMP、POV、VRML格式若改为321面，得到偏方复十二面体若将点群改为23(T)则可得到五角三四面体；若改为43(O)则可得五角三八面体 使用clock为时间变量 Povray.ini中设置Initial_Frame = 1Final_Frame =16运行POVRAY，产生一系列图象用视频软件连接，得到动画 使用Gaussian对苯分子进行优化和频率分析 GaussView找到苯呼吸振动的频率从Gaussian输出文件中截取苯的坐标和振动位移，据此，可制作苯呼吸振动的动画 Reactions Hydrocarbons Chirality Symmetry Orbitals
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