体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本流程

体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本 流程 体外核酸诊断试剂盒研发引物和探针的设计 检测病原体流行病学调查 病原体代表株系的全基因组序列比 较 检测靶序列的确定 基于靶序列设计引物和探针 引物探针整体评分 靶序列数据库内特异性验证（ NCBI 南方地区则以 B 型为主 ,C 型也占相当比例 （ 冯琴 ,杨桂英 ,朱善 军等 .乙型肝炎病毒基因分型的研究进展 J.医学检验与临 床 ,2011,22(2):77,56. HBV流行病学调查：确定需要检测的分型以及靶序列 地区分型特点 分子生物学特征 Genes S, C, and P,region X, the precore region, and the pre- S2/pre-Sl regions were ranked in order of increasing variability.（ Lauder I J, Lin H J, Lau J Y, et al. The variability of the hepatitis B virus genome: statistical analysis and biological implicationsJ. Molecular biology and evolution, 1993, 10(2): 457-470. . 临床病理学 B 基因型的治疗反应、耐药发生率均优于 C 型 ,HBV YMDD 突变株 ( YIDD/ YVDD) 多发生于基因型 C和 D（ 谢南 , 朱小诚 . 90 例 HBV 基因型与拉米夫定疗效的研究 J. 实用临床医学 , 2003, 4(4): 5-8. ） 地区分型特点 文献资料的检索 分子生物学特征文献资料的检索 临床病理学文献检索 病原体代表株系的全基因组序列比较 HBV（ A,B,C,D）分型代表株系的全基因组序列比较 F P R Primer Premier 5评分（发夹，二聚体） Oligo6评价 上游引物 vs 下游引物 探针 VS 下游引物 HBV基因组错配评价 空间结构 DNA folding form | mfold.rit.albany.edu http:/mfold.rna.albany.edu/?q=mfol d/dna-folding-form HBV引物在种内中间（针对中国地区以及其他地区 ABCD代表分型）特异性评价 F P R F P R NCBI Pick primer 程序对引物 2 在种内交叉反应评价 . Hepatitis B virus NCBI Pick primer 程序对引物以及探针在种间特异性的评价 HBV-E,F,G,H基因组检测特异性评价 F P R 引物整体评价 优点： 1 序列上特异较高 2 探针引物总体评分较高 3 在自身基因组中不存在错配，在临床类似病原体中不存在 显著的交叉反应 缺点： 1 探针自身二聚体较严重 2 对于 C型耐药突变株，重组型 HBV样本的检测能力差 3 不具有检测 HBV ABCD外基因型（ F,G,H）的潜力 4 PCR产物长度可能不适合（ 86 bp）