利用Perl鉴定和开发EST-SSR

利用perl鉴定和开发EST-SSR1、perl在windows操作系统下的安装：从2、利用NCBI数据库检索系统Entrez下载EST序列，格式为fasta。3、利用est_timmer去除EST序列中过短的序列（v100bp）和过长的序列（700bp）以及mRNA的帽子和尾巴：从http:/pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/下载est_timmer.pl；运行est_timmer.pl命令为c:perlbinperlest_trimmer.plA.fasta一amb=2,50tr5=T,5,50一tr3=A,5,50-cut=100,700,点击回车运行；输出两个文件A.fasta.log和A.fasta.results。4、利用CD_HIT快速批量去冗余序列：从http:/www.bioinformatics.org/cd-hit/中得到CD_HIT；把A.fasta.results复制到cd_hit文件夹中并重命名为B.fasta，运行cd_hit.exe，输入命令为：c:perlbincd_hitcd_hit.exe-iB.fasta-oC.fasta-c1.00-n5-M2000，输出三个文件，其中C.fsata文件用于下一步处理。5、利用misa.pl识别和定位SSR：从http:/pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/下载（包括配置文件misa.ini,用来设置识别SSR标记的标准）；复制C.fsata文件到c:perlbin目录下，输入命令：c:perlbinperlmisa.plC.fasta,运行后产生C.fasta.misa和C.fasta.statistics两个文件，其中C.fasta.misa用于primer3引物设计。6、利用primer3模块批量设计SSR引物：适用于perl的primer3的下载地址